Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: arbre

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arbre
magorne
14 Dec 2008 17:51
Non evaluated contribution
j' ai un petit problème d'interpretation des différents arbres que j'obtient pour ma 3eme séquence
(binome magorne) .... voilà , des problèmes sur la phylogenie .fr m'avaient empêcher de mettre la totalité
des résultats concernant les arbres ; nous avions cependant reussi en TD à construire cet arbre :

1)Phylogeny.fr ; à partir de l'alignement multiple clustalW de phylogeny.fr ;
Construction par la méthode de PhyML **avec les séquences suivantes :
GE FCB et Gext green sulfure bacteria


                                                                                                       -----0.1----

                                                                 +------------------------gi_21672903_Chlorobium
                                                          +------+
                                                          |      +-----------------------gi_189347767_Chlorobium
          +-----------------------------------------------+
          |                                               +----------------------------gi_189501255_Chlorobium
+--------+
|        |
|        +-------------------------------------gi_193214131_Chloroherpeton
|
|                                              +----------------------------gi_89889803_Flavobacteria
|                                              |
|                                              |                +--------gi_86143677_Flavobacterium
|                             +----------------+                |
|                             |                |      +---------+  +-----------------------------------------GOS_673030
|                             |                |      |         +--+
|                             |                +------+            +-------gi_163786713_Flavobacteriales
|                             |                       |
|                             |                       +--------gi_88711787_r_Flavobacteriales
|                             |
+-----------------------------+
                               |                                           +----gi_189461335_Bacteroides
                               |                                      +----+
                               |                                      |    +----gi_198274640_Bacteroides
                               |                                +-----+
                               |                                |     |      +gi_150005793_Bacteroides
                               |                                |     +------+
                               |                                |            +-gi_212693199_Bacteroides
                               +--------------------------------+
                                                                |   +-----gi_153806289_Bacteroides
                                                                |   |
                                                                +---+
                                                                    |  +---gi_167763118_Bacteroides
                                                                    +--+
                                                                       | +--gi_189465621_Bacteroides
                                                                       +-+
                                                                         +-gi_160889561_Bacteroides

où bactériodes et les flavobacteries sont des CFB et Les chloro.. correspondent aux green bacteria
La séquence apparait au centre des flavo , ce qui nous a permi d' affiner notre analyse
phylogenetique : les groupe extérieur serait les bactériodes et le GE serait les flavo ( le différentiel de scores ainsi que l'alignement , nous permet largement d'emettre cette hypothèse )
Cependant, lorsque je regarde la conctruction les arbres sous les autres protocols , j'obtient ces résultats :

2) Phylogeny.fr ; à partir de l'alignement multiple clustalW de phylogeny.fr ;
Construction par la méthode de ProtDist/DnaDist-Neighbor **avec les séquences suivantes :
GE FCB et Gext green sulfure


                                  +-gi_189461335_{Bacteroides_copr                   Bacteriodes
                               +-10  
                               !  +-gi_198274640_{Bacteroides_pleb                   Bacteriodes
                            +-11  
                            !  !   +gi_150005793_{Bacteroides_vulg                   Bacteriodes
                            !  +---9
            +--------------12      +gi_212693199_{Bacteroides_dore                   Bacteriodes
            !               !  
            !               !  +--gi_153806289_{Bacteroides_cacc                     Bacteriodes
            !               !  !  
            !               +-13     +gi_189465621_{Bacteroides_inte                 Bacteriodes
            !                  !  +-14  
            !                  +-15  +gi_160889561_{Bacteroides_unif                 Bacteriodes
            !                     !  
  +---------8                     +gi_167763118_{Bacteroides_ster                    Bacteriodes
  !         !
  !         !           +----gi_86143677_{Flavobacterium_sp                          Flavobacteria
  !         !         +-4
  !         !       +-5 +----gi_163786713_{Flavobacteriales                          Flavobacteria
  !         !       ! !
  !         !     +-6 +-----gi_88711787_r{Flavobacteriales                           Flavobacteria
  !         !     ! !
  !         +-----7 +--------------gi_89889803_{Flavobacteria_bac                    Flavobacteria
  !               !
  !               +--------------GOS_673030_Traduction_{116-904                      Séquence
  !
  !                 +-------------gi_21672903_{Chlorobium_tepidu                     green sulfure bacteria  
  !              +--1
  3--------------2  +---------gi_189347767_{Chlorobium_limic                         green sulfure bacteria
  !              !
  !              +------------gi_189501255_Chlorobium_phaeob                         green sulfure bacteria
  !
  +------------------gi_193214131_{Chloroherpeton_t                                  green sulfure bacteria

Ma séquence n'est pas niché reellement dans les flavo comme prévu
Mais en prenant le GE "flavo" et Gext les bacteriodes, j'obtient des résultats cohérents avec mon hypothèse de départ ... ma séquence est dans les flavo !!!

3) Phylogeny.fr ; à partir de l'alignement multiple clustalW de phylogeny.fr ;
Construction par la méthode de ProtDist/DnaDist-Neighbor avec les séquences suivantes :
GE flavobactéries et Gext bactériodes


  +gi_160889561_{Bacteroides_unif                                                      Bacteriodes
  !  
  !  +gi_167763118_{Bacteroides_ster                                                   Bacteriodes    
  !  !  
  !  ! +--gi_153806289_{Bacteroides_cacc                                               Bacteriodes  
10-11 !
  !  ! !      +gi_189461335_{Bacteroides_copr                                          Bacteriodes      
  !  ! !    +-6
  !  ! !    ! +gi_198274640_{Bacteroides_pleb                                          Bacteriodes
  !  +-9  +-7
  !    !  ! !  +gi_150005793_{Bacteroides_vulg                                         Bacteriodes  
  !    !  ! +--5
  !    !  !    +gi_212693199_{Bacteroides_dore                                         Bacteriodes
  !    !  !
  !    +--8                      +----gi_86143677_{Flavobacterium_sp                   Flavobacteria  
  !       !                    +-1
  !       !                  +-2 +---gi_163786713_{Flavobacteriales                    Flavobacteria
  !       !                  ! !
  !       !                +-3 +-----gi_88711787_r{Flavobacteriales                    Flavobacteria
  !       !                ! !
  !       +----------------4 +-------------GOS_673030_Traduction_{116-904              Séquence
  !                       !
  !                        +-----------gi_89889803_{Flavobacteria_bac                  Flavobacteria
  !  
  +gi_189465621_{Bacteroides_inte                                                      Bacteriodes

De plus , vous avez certainement remarqué l'extreme similarité entre notre séquence et celles présentes
dans les différents alignments ( et pour les 2 Gext choisi dans cette analyse !!)
J' ai l'impression que l'homologie sur la quasi-totalité de cette séquence ne trouble la construction
de l'arbre sous certaines methodes car je ne pense pas que notre séquence ne soit pas une Flavo
... je voudrais connaitre votre avis sur le sujet.
Merci par avance

Macchi Magali


Hingamp_BC08
15 Dec 2008 10:05
Game master
Donc finalement tout va pour le mieux: par PhyML et NJ avec vos groupes étude + ext plus serrés -> arbres congruents ET ORF nichée! N'oubliez pas que ces méthodes d'inférence sont toutes faillibles, dans ce cas j'opte aussi pour un artefact du NJ avec le gr. ext Chlorobium. A noter que même dans ce dernier cas, certes si en effet non niché dans les flavos, l'ORF reste clairement très proche des flavo.