Bonjour,
Suite à la visio d'hier, j'ai élargi mon groupe d'étude à l'ensemble des Alphaproteobacteria dans l'espoir que le positionnement de l'ORF5 dans l'arbre permette d'inférer sa taxonomie (ce qui était difficile à réaliser en choisissannt uniquement les Pelagibacteriales comme groupe d'étude), j'ai aussi redéfini mon groupe extérieur comme comprenant le groupe des Gammaproteobacteria et des Betaproteobacteria.
Dans ce choix de groupe d'étude et de groupe extérieur, mon ORF5 (en vert) s'intègre bien mieux dans les Alphaproteobacteria, plus précisémenet chez les Pelagibacteriales. Toutefois l'arbre est très peu lisible, tout me semble un peu mélangé.... J'ai donc du mal à repérer où enraciner l'arbre de façon à ce que le groupe extérieur et le groupe d'étude soient représentés de façon distincte.
Pourriez vous s'il vous plait m'indiquer comment je pourrai procéder ?
Par ailleurs, les sous groupes ne sont pas toujours distincts, en témoigne la branche en rouge.
b ) Second arbre phylogénéique obtenu en prenant comme groupe d'étude 'Alphaproteobacteria' et comme groupe extérieur 'Betaproteobacteria et Gammaproteobacteria'
+----------------------------------------------------------------------------------------+ BPBBCKK1-Bacteria-Proteobacteria-Betapro-Burkholde
+--------+ 0.78
| +--------------+ BPBRZA1-Bacteria-Proteobacteria-Betapro-Rhodocycla
|
| +----+ BPACCCC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Caulobac
| +--+ 0.86
| | +----------+ BPACCP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Caulobact
| |
| +--+ 0.66---+ BPASSN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Sphingomo
| | | +-+ 0.25
| | | | +-------+ BPASSN2-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Sphingomo
| | | |
| | +--+ 0.92 +-+ BPASSS1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Sphingomo
| +-+ 0.64| +------+ 0.98
| | | +-+ 0.47 +----+ BPASSS2-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Sphingomo
| | | |
| | | +-------+ BPASEP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Sphingomo
| | |
| +-+ 0.41-------+ BPARAAA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodospi
| | |
| | | +-------+ BPAHRRAA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Hyphomi
| | | +--+ 0.80
| | +-+ 0.84--------+ BPARPP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodobact
+------------------------+ 1.00 | |
| | +-+ 0.76---+ BPAHPKA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Hyphomic
| | | |
| | | | +-----------+ BPARKK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodospir
| | | | +---+ 0.90
| | | | +---+ 0.88------------+ BPGCOOC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammapro-Cardioba
| | | | | |
| | | | | +---------+ BPGCC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammapro-Candidatus
| | +--+ 0.84+ 0.95
| | | | | +-+ BPGTTT1-Bacteria-Proteobacteria-Gammapro-Thiotrich
| | | | +-------+ 0.98
| | | | +--+ BPGTTT2-Bacteria-Proteobacteria-Gammapro-Thiotrich
| | | |
+---+ 0.89 | | | +-----+ BPAPPC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Pelagibac
| | | +--+ 0.90----+ 1.00
| | | | | +---+ OMRGCv2f-11192200-Traduction-246-1004-sens-indirec
| | | | |
| | | | | +----+ BPARRR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodospir
| | | +----+ 0.25 +-+ 0.29
| | | | | +---+ 0.91+ BPARRR3-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodospir
| | | | | |
| | | | | +----+ BPARRR2-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodospir
=| | +-------+ 0.86
| | | +-----+ BPARRM1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodospir
| | |
| | +--------------+ BPAMMM1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Minwuiale
| |
| +----+ BPARRD1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodobact
|
+--------+ BPARPM1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodobact
|
+------------+ BPARPR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphapro-Rhodobact
|------------------------------------|-------------------------------------|------------------------------------|---------------
0 0.5 1 1.5
substitutions/site
Format NEWICK de cet arbre
((((((((((BPAHPKA1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Hyphomicrobiales_Parvi:0.073909,
(BPARPP1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodobacterales_Paracoc:0.152693,
BPAHRRAA1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Hyphomicrobiales_Rhiz:0.107901)
0.805000:0.037431)0.841000:0.024642,
(((BPACCCC1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Caulobacterales_Caulob:0.062097,
BPACCP1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Caulobacterales_Cauloba:0.141866)
0.867000:0.036639,
(((BPASSS2_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Sphingomonadales_Sphing:0.063736,
BPASSS1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Sphingomonadales_Sphing:0.021529)
0.988000:0.094184,
BPASEP1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Sphingomonadales_Erythr:0.100105)
0.471000:0.027502,
(BPASSN2_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Sphingomonadales_Sphing:0.106137,
BPASSN1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Sphingomonadales_Sphing:0.057803)
0.250000:0.026231)0.922000:0.040036)0.660000:0.039417,
BPARAAA1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodospirillales_Aceto:0.143946)
0.647000:0.028818)0.413000:0.024926,
((BPGTTT2_Bacteria_Proteobacteria_Gammapro_Thiotrichales_Thiotrich:0.048538,
BPGTTT1_Bacteria_Proteobacteria_Gammapro_Thiotrichales_Thiolinac:0.030773)
0.988000:0.096948,
(BPGCC1_Bacteria_Proteobacteria_Gammapro_Candidatus_Thioglobus_Ca:0.142383,
(BPARKK1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodospirillales_Kiloni:0.153636,
BPGCOOC1_Bacteria_Proteobacteria_Gammapro_Cardiobacteriales_Ostr:0.187404)
0.906000:0.059847)0.882000:0.042588)0.952000:0.057030)0.769000:0.025052,
(BPAPPC1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Pelagibacterales_Pelagi:0.072981,
OMRGCv2f_11192200_Traduction_246-1004_sens_indirect:0.045312)1.000000:0.094594)
0.847000:0.038997,
((BPARRR3_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodospirillales_Rhodos:0.057691,
BPARRR1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodospirillales_Rhodos:0.077857)
0.297000:0.024662,
BPARRR2_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodospirillales_Rhodos:0.075460)
0.918000:0.044921)0.908000:0.051932,
BPARRM1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodospirillales_Rhodos:0.081543)
0.258000:0.059578,
BPAMMM1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Minwuiales_Minwuiaceae:0.196036)
0.864000:0.108863,
(BPBRZA1_Bacteria_Proteobacteria_Betapro_Rhodocyclales_Zoogloeace:0.196518,
BPBBCKK1_Bacteria_Proteobacteria_Betapro_Burkholderiales_Comamon:1.193092)
0.783000:0.119689)1.000000:0.340142,
BPARRD1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodobacterales_Roseoba:0.067867)
0.896000:0.048171,
BPARPM1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodobacterales_Paracoc:0.123287,
BPARPR1_Bacteria_Proteobacteria_Alphapro_Rhodobacterales_Paracoc:0.169712);
En vous remerciant fortement par avance pour vos éclairages afin que je puisse finaliser mon travail,
Bien cordialement,