Bonjour,

Après analyse de l'alignement avec les homologues, je me rends compte que mon ORF est beaucoup plus court que les homologues supposés. 

Mon ORF est toutefois bien aligne sur l'ensemble de la partie présente de sa séquence, c'est à dire du début bien aligné , une métjionine alignée avec le début des homologues  jusqu'à là où mon ORF s'arrête.

Puis-je toutefois continuer, sachant qu'après Gblocks il ne me reste par conséquent que 25% d'alignement avec les homologues ? 
 

Un ORF très bien aligné sur la portion de sa séquence présente, mais fortement incomplet, suffit-il pour réaliser un alignement et vérifier que les présumées séquences homologues le sont effectivement (des homologues) et donc que l'on peut  le positionner (L'ORF) dans un arbre phylognénétique ? 

En vous remerciant par avance,