Bonjour,
La branche de groupe d’étude ne contient que quelques séquences de groupe extérieur. C’est acceptable, vous pouvez continuer avec cette séquence. Proposez des hypothèses qui peuvent expliquer le mélange entre le groupe d’étude et extérieur.
Concernant le formatage, je suggère quelques améliorations.
En ce qui concerne le code couleur, il n’est pas nécessaire en utiliser pour les différentes familles de Hyphomicrobiales, car la plupart des familles sont représentées par une seule séquence. Vous pouvez plutôt utiliser la même couleur pour tous les Hyphomicrobiales.
En ce qui concerne l'affichage de l'arbre, les branches sont très courtes et il est difficile de voir les ramifications. Je vous suggère d'utiliser l'option "Width of the tree" dans l'outil http://annotathon.org/outils/nw_utils.php pour régler le nombre de caractères par ligne. Vous pouvez facilement augmenter la valeur à 180 ou plus, ce qui rendra l'arbre plus lisible.
S'il y a encore des branches très courtes à la base de l'arbre, vous pouvez afficher l'arbre en format cladogramme en activant l'option "Display as cladogram: yes". Cela permettra de mieux visualiser l'arborescence, même si l'information sur les longueurs des branches sera perdue. Si vous le jugez utile, vous pouvez également afficher les deux formats : phylogramme (avec les longueurs des branches informatives) et cladogramme.
Bon travail,
Emese Meglecz