Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Sujet de discussion: Choix du domaine

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Choix du domaine
SRSM
1 May 2022 17:41
Contribution non évaluée

Bonjour madame, 

On avait une pétite par rapport aux choix du domaine, vu que nous en avons plusieurs et il y'a en même qui se repète plusieurs fois on ne sait pas le lequel on pourrait choisir. Nous avions pensez à choisir le domaine qui a l'e-value la plus faible mais nous ne sommespas sûr.

Merci d'avance pour votre réponse.

B_Wirth_22
2 May 2022 9:53
Maître de jeu

Bonjour,

 

dans la table 2, vous devez mettre tous vos résultats interpro, tous les N° IPR, une seule ligne /N° IPR.

Il faut ensuite discuter ces résultats : tous significatifs ? (cf e-value), domaines différents, distincts ou simplement redondants (cf chevauchements, liens de parenté, section de classification dans interpro).

Et enfin, on justifie le ou les domaine(s) retenu(s). Mais attention si vous retenez plusieurs domaines, les domaines retenus ne doivent pas être chevauchants, ils doivent occuper des régions différentes de la protéine.

 

Consigne : il faut aller du plus précis au plus large (d'abord dans la section "domaines", si vous ne l'avez pas => section "family", et si vous n'avez ni la section domaine, ni la section family => section "super family").

 

Bon travail,

BW