Bonjour, 

Je me permets de revenir vers vous car je viens d'obtenir les résultats du rapport taxonomique. Pensez-vous qu'il serait judicieux de choisir comme groupe d'étude l'ensemble des Alphaproteobacteria et Gammaproteobacteria, et comme groupes extérieurs tout ce qui n'appartient ni à l'un ni à l'autre (compte tenu de la différence de e-valeur avec les groupes types) ?  

En vous remerciant par avance pour votre aide et disponibilité. 

Bien cordialement, 

Mme RUSSO Ashley  

Bonjour Ashley,

L'ensemble des Alphaproteobacteria et Gammaproteobacteria n’est pas un groupe monophylétique, donc vous ne pouvez pas les choisir comme groupe d’étude. Vous pouvez choisir les alpha uniquement, où si vous voulez inclure les alpha et les gamma, il faut encore inclure un autre ordre des protéobactérie. Je vous lasse à le trouver sur la base de l’arbre des bactéries :
http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour, 

Merci pour votre retour rapide et vos précisions. 

Je suis un peu perdue : l'E-valeur de Betaproteobacteria a un ordre de grandeur très éloigné (6,00E-88) des Alpha (2,00E-170) et Gamma (6,00E-124), et similaire au reste des taxons, ce qui me fait penser que je ne peux l'inclure pour le groupe d'étude. 

D'un autre côté, si je ne retiens que Alphaproteobacteria comme groupe d'étude (meilleure E-valeur de la liste), et comme groupe extérieur tout ce qui n'est pas Alphaproteobacteria, subsiste les Gammaprotéobacteria, avec une très bonne E-valeur. 

Pensez-vous que la différence de 46 entre les E-valeur de Alpha et Gamma soit suffisante pour justifier de prendre pour groupe d'étude uniquement les Alphaproteobacteria ? Est-ce un problème si l'E-valeur de Gammaproteobacteria ne soit pas vraiment dans la même tranche que le reste (plutôt entre 60 et 90 max) ? 

J'espère avoir été claire... 

Merci par avance pour votre aide, 

Bien cordialement, 

Mme RUSSO Ashley 

Bonjour Ashley,

En principe, 46 ordres de grandeur de différence est largement suffisant pour séparer les groupes. Par contre vous pouvez avoir un problème si vous avez que quelques bons hits alpha, et les autres alphas ont des Evaleurs comparables à celui des gamma.

Vous devez faire des tests, il est difficile à savoir à priori. Je commencerais par choisir les alphas comme groupe d’étude. Si ça ne marche pas, il faut élargir le groupe d’étude et ajouter des gammas. Mais comme le groupe d’étude devrait être un groupe monophylétique, il faut inclure les bêta aussi dans le groupe d’étude, même si les Evaleurs des bêta sont assez élevées.

Courage,

Emese Meglecz