Bonjour, 

Mon groupe d'étude, les péligébactérales, est dispérsé dans deux branches de l'arbre (en rouge). Je n'arrive  pas à l'enraciner corectement pour les regrouper. Si mon ORF se trouve tout de même dans une partie du groupe d'étude cela suffit t'il à montrer qu'il appartient au groupe d'étude ? Ou puis je mieux l'enraciner ?

Merci pour votre aide,

Bonjour Clémentine,

Hélas, l’ORF est simplement encadrée par 2 séquences de Pélagibacterales, ce qui est un peu court pour faire des conclusions, surtout qu’il y a d’autres Pelagibacterales dans une autre branche.
Il sera risqué à tirer une conclusion de cet arbre.

Un grand souci avec l’ORF que gblocks garde que 73 positions. Éventuellement vous pouvez essayer de relâcher les paramètres de Gblocks pour inclure les positions avec gaps, mais je ne suis pas sûre que cela va vous aider beaucoup, car parmi les Pelagibacterales il y a des hits avec des Evaleur assez grandes.

Si vous êtes désespérée, en plus des séquences actuelles vous pouvez ajouter les 6 meilleurs hits (evaleur <1e-55) qui sont toutes annotés comme Pelagibacteraceae bacterium est qui viennent d’un projet metagénomique. Vous pouvez tenter d’interpréter cet arbre avec la plus grande précaution. L’intérêt ce n’est pas clairement dire de quel groupe la séquence vient, mais votre argumentation.

Courage,
Emese Meglecz

Bonjour,

Merci beaucoup pour vos conseils, je n'ai pas trouvé les 6 meilleurs hits avec une e valeur de 1e-55, mais j'ai utilisé de nouvelles séquences annotées en tant que Pelagibacteraceae bacterium pour refaire un alignement, j'ai aussi changé les paramètre de G stocks car l'ORF étudié ne semble représenter que la fin des séquences protéiques retrouvée chez les homologues (il y a une variation de position importantr entre l'orf et les homologues en N-ter) ce qui limitait beaucoup le nombre de positions consérvées j'ai l'impression.

L'arbre présente maintenant 2 branches bien distinctes qui sépare le groupe extérieur du groupe d'étude.

Merci pour votre temps, 

Clémentine Capitaine

Très bien :)