Forum "Recherche d'ORF"

Sujet de discussion: ORF codant ? Pertinent pour annotation ?

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ORF codant ? Pertinent pour annotation ?
AshleyRusso
14 Apr 2022 15:34
Contribution non évaluée

Bonjour, 


Je me permets de vous écrire car j'aimerai pouvoir confirmer avec vous la pertinence de mon choix de séquence pour la poursuite de mon travail. 

J'avais 8 séquences dans mon panier, dont certaines plus étoffées que celle-ci (davantage d'ORFs et plus longs). Néanmoins, mon choix s'est porté sur cette séquence-ci, après analyse de BLASTx puisqu'iil s'agissait de la seule séquence pour laquelle j'ai un ORF remplissant les conditions définies (%id <90, >300 nucléotides, et ayant plus de 500 homologues connus). 

 

Je m'interrogeais notamment sur le fait d'avoir une séquence contenant peu d'ORFs. 

 

Puis-je poursuivre avec ces données ? 

 

Bien cordialement, 

 

Mme RUSSO Ashley 

Meglecz21CTES
15 Apr 2022 18:30
Maître de jeu

Bonjour Ashley,


A priori, cette séquence est bonne, avant que vous arriviez à la phylogénie, rien n’est sûr.

 

Emese Meglecz