Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Sujet de discussion: Pourcentage identité faible dans l'alignement

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Pourcentage identité faible dans l'alignement
Anna
12 Apr 2022 18:34
Contribution non évaluée

Bonjour Professeure, 

pardonnez moi de vous déranger. 

J'ai un souci au niveau des alignements multiples et de l'arbre. Après utilisation de phylogeny, le pourcentage d'identité de mes alignements est très faible, envrion 20%. Est ce problématique? Y a t'il homologie quand même ? Est ce que je dois changer de groupe d'études ou extérieur ? 

Merci par avance 

Cordialement 

Anna 

Meglecz21CTES
12 Apr 2022 18:44
Maître de jeu

Bonjour,


Si vous avez au moins une centaine (de préférence plus) de positions retenues par Gblock, vous pouvez tenter de construire l’arbre.

 

Le pourcentage de positions retenues est relativement peu important. Dans votre cas le pourcentage de positions retenues est assez faible, car l’ORF est incomplet. Même si les séquences s’alignent bien après la fin de l’ORF (après le morceau de l'ORF que vous avez), les positions ne sont pas marquées comme conservées, car il y a une séquence (l’ORF) a des 'gaps'.


Bon travail,
Emese Meglecz

 

Anna
12 Apr 2022 18:57
Contribution non évaluée

Merci pour votre réponse. 

J'en ai 133 sur 709 soit 18% conservées. Je vais tenter de construire l'arbre 

Merci beaucoup 

Meglecz21CTES
15 Apr 2022 18:45
Maître de jeu

OK. Très bien!