Bonjour Madame, 

 

Nous nous demandons si nous pouvons continuer notre analyse avec notre séquence. En effet, pour l'orf choisit nous obtenu un domaine  dans interpro : la Carboxyltransférase. C'est le seul domaine protéique que nous obtenons. Et lorsque nous allons dans la description de la famille il cité que : "les résidus qui sont importants pour la catalyse de la carboxyltransférase ne sont pas conservés dans KipA et kipI. Par conséquent il est peu probable que le complexe KipA-KipI ait une activité carboxyltransférase". Pourtant le domaine protéique est bien présent lors du résultat interpro. 

Par conséquent nous ne savons pas si nous pouvons continuer l'analyse ou si il faut changer de séquence. 

 

Cordialement, 

 

Sylia et Léa

Bonjour,

 

Non, non, pas de souci, l'ORF remplit les critères.

Vous obtenez au moins un domaine conservé répertorié dans interpro : vous avez 3 N° IPR, à mettre dans la table 2 => c'est TB.

Et ce ne sont pas des domaines notés "DUF" "Domain of Unknown Function", vous pourrez donc discuter la fonction.

 

Parmi les 3, vous choisissez le domaine à retenir dans la catégorie la plus précise : catégorie "Domain" => c'est juste.

 

Après, ce n'est plus qu'un souci de traduction de l'abstract ou des abstracts.

* Domaine IPR010016 (Family) : "Kinase A inhibitor KipI was first identified as a potent inhibitor of the autophosphorylation reaction of kinase A (KipA)..."

==> D'après ce domaine, l'ORF étudié coderait une Kinase A inhibitor KipI (KipI = d'ailleurs un symbole de gène, que vous pourriez utiliser, mais vous  en avez un autre plus précis dans les fiches SP).

==> "KipI is an inhibitor of the catalytic domain of kinase A affecting the ATP/ADP reactions and not the phosphotransferase functions of this domain"

 

 

- "KipI forms a complex with KipA. The KipI-KipA complex shares protein structure and sequence similarity with the carboxyltransferase (CT) domain of urea amidolyase from K. lactis"

==> Le complexe KipI-KipA présente une similarité de séq et de structure avec le domaine "carboxyltransferase (CT) domain of urea amidolyase from K. lactis". Kluiveromyces lactis étant une levure, donc un eucaryote.

- "but residues that are important for CT catalysis are not conserved in KipA and KipI. Therefore, the KipA-KipI complex is unlikely to have CT activity"

==> MAIS les résidus important pour la carboxyltransferase (trouvée chez les euK) ne sont pas conservés dans les prot KipA et KipI (bactériennes), ce qui signifie que le complexe KipA-KipI chez les bactéries n'aura  pas la même fonction carboxyltransferase (trouvée chez les euK), et cela magré la similarité de séq et de structure.

 

==> à partir de ce domaine IPR010016, cliquez sur le lien "Taxonomy".

Vous avez une nouvelle représentation, très visuelle, de la répartition de ce domaine ds le vivant, sous la forme d'un diagramme Sunburst :

- ce domaine a été identifié dans environ 19 426 protéines bactériennes, 156 protéines archaea, et seulement 39 protéines euK

 

* Domaine IPR003833 Carboxyltransferase domain, subdomain C and D : 

- "Urea carboxylase (UC) catalyses a two-step, ATP- and biotin-dependent carboxylation reaction of urea. It is composed of biotin carboxylase (BC), carboxyltransferase (CT), and biotin carboxyl carrier protein (BCCP) domains."

==> il commence par décrire la fonction Urea carboxylase (UC). Urea carboxylase (UC) constituée de 3 domaines : BC, CT et BCCP => vous avez identifié le domaine carboxyltransferase (CT).

- "The CT domain of UC consists of four subdomains, named A, B, C and D. This domain covers the C and D subdomains of the CT domain"

==> domaine carboxyltransferase (CT) : lui-même constitué de 4 sous-domaines A, B, C and D. => vous avez identifié un domaine qui couvre les sous-domaines C and D.

==> et ce domaine identifié (subdomain C and D) couvre " the whole length of kipI (kinase A inhibitor) from Bacillus subtilis" (bactérie). 

==> "KipA, which is covered by the A and B subdomains" : les domaines A et B étant couverts par la prot "KipA" (chez les bactéries). D'où la formation du complexe KipI-KipA chez les bactéries.

==> Mais ce complexe KipI-KipA chez les bactéries n'a probablement pas la même fonction Carboxyltransferase cf "Therefore, the KipA-KipI complex is unlikely to have CT activity " 

 

==> D'ailleurs, si vous cliquez sur  le lien "Taxonomy" à partir du domaine IPR003833 : ce domaine (fonction Carboxyltransferase) est plus représenté chez les euK que le domaine précédent.

 

==> à mettre en lien ensuite, avec la fonction des homologues idéntifiés par blast vs NR et vs SP

==> vs SP : voir fiche P60495

 

 

 

Remarques supplémentaires par rapport au travail en cours :

 

* Paragraphe Domaine :

Revoir votre correction :

==> Chaque entrée INTERPRO est à décrire : le N° d'accession (IPRxxx), le bref descriptif de la fonction du domaine correspondant, les coordonnées de ce domaine sur la protéine putative (osnt ils chevauchants ou non ?), la e-value correspondante et commentez cette e-value, les liens de parenté existant pour chaque domaine (cf section de classification dans interpro (Domain, family, superfamily : différent niveau de classification), « Domain (ou family) relationships » ou « Overlapping entries » (dans les fiches interpro), en faisant ressortir les liens entre tous vos résultats.
==> Choix DU domaine le plus pertinent en justifiant votre choix (cf règles du jeu) : en fonction de la taille, e-value et niveau hiérarchique (c'est celui que vous indiquez dans le tableau du formulaire annotathon)

 

1. Description des résultats 

==> commentez les e-values obtenues

- "La e-value seuil correspondant à la limite entre homologue putatif et non homologue probable,"

==> à revoir : ça c'est pour le blast. Reformulez, que signifie les e-values obtenues ?

 

- "Tout d'abord la protéine étudiée appartient à la famille : Kipl Family de la position 4 à 210"

==> à revoir un domaine "Kipl Family", caractéristique de la famille des prot KipI a été détecté entre les positions 4 et 210 de la protéine étudiée. La protéine étudiée appartient donc probablement à cette famille de protéines.

- "Kipl Family" (ou "5-OXOPROLINASE SUBUNIT B") cf BDD ==> lien avec SP

- "Ensuite, elle a un domaine carboxyltransferase domain subdomain C and D de la position 1 à 190 (code interpro IPR003833)" ==> OK 

- "De plus, elle a une superfamille homologue de domaine de type cyclophiline de la position 73 à 212 ( code interpro IPR02900)"

==> à revoir : Le domaine cyclophiline-like ( code interpro IPR02900), identifié entre les positions 73 et 212 de la protéine étudiée, caratérise une famille de protéines homologues, incluant les Carboxyltransferases (Carboxyltransferase domain, subdomain C and D (IPR003833)).

==> Ce domaine vous donne d'ailleurs des informations sur la structure du domaine à mentionner dans le paragraphe fonction : cf "This superfamily represents a β-barrel domain"

- "Enfin interpro, prédit que cette protéine pourrait se trouver dans le motif protéique appelé coil."

==> ??? à revoir : vous êtes en biochimie, à quoi correspond un "coil" ?

 

- "Le domaine retenu s'étend sur plus de la moitié de l'ORF1 (182 acides aminés sur 212)."

==> ORF = seq nt 

 

 

* Attention au remplissage des coordonnées de l'ORF retenu. Vous avez un message d'erreur en rouge qui s'affiche.

Message d'erreur en vert => Pour information seulement.

Message d'erreur en rouge => Erreur à corriger !

Comme coordonnées de fin de l'ORF, on vous demande de rentrer la coordonnée de fin AVANT le codon stop, si le codon stop est présent.

==> c'est pour enlever l'étoile dans la traduction de l'ORF, étoile qui peut poser problème pour l'utilisation avec certains outils bioinfo, comme interproscan ou blastP

 

* Paragraphe ORF :

En fixant la taille des mots à 6, il existe 7 ORFs ==> NON, à revoir !

 

Bon travail,

BW