Bonjour Madame,

J'ai voulu suivre vos conseils lors de notre dernier échange. En effet je souhaite prendre un gourpe d'étude plus large. Cependant mon groupe dé'tude peut il être les Gamma et les Alpha proteobacterie ? En effet les evaleur max de ces deux groupes sont très similaires.

Mon groupe exterieur peut il être les Beta et les Deltaproteobacterie ? 

Car dans les règles du jeu (partie L'arbre de la vie, vu par les microbes) il y a un ancètre commun pour les alpha gamma et bêta. Mon groupe d'étude risque d'être trop large si je choisis ses 3 groupes ?

Cordialement 

Maëlle Jarnoux 

Bonjour Maëlle,

J'ai voulu suivre vos conseils lors de notre dernier échange. En effet je souhaite prendre un groupe d'étude plus large. Cependant mon groupe dé'tude peut il être les Gamma et les Alpha proteobacterie ? En effet les evaleur max de ces deux groupes sont très similaires.

Non, ces deux groupes ne forment pas un groupe monophylétique.

Car dans les règles du jeu (partie L'arbre de la vie, vu par les microbes) il y a un ancètre commun pour les alpha gamma et bêta. Mon groupe d'étude risque d'être trop large si je choisis ses 3 groupes ?

L'ensemble des alpha, bêta, gamma me semble un bon choix. Si vous pouvez déterminer le phylum ou un ensemble des classes monolylétique, c’est déjà une avance. Il y a des séquences où on ne peut pas aller plus loin.
 
Cordialement,
 
Emese Meglecz

Je vous remercie de vos réponses toujours précises!

Cordialement 

Maëlle Jarnoux 

Bonjour Madame, 

Je suis désolée de vous déranger une nouvelle fois. 

J'ai voulu prendre les Gamma, Alpha et Beta proteobacterie comme groupe d'étude? Le groupe exterieur qui s'en découle est donc les Deltaproteobacterie. Hors il n'y a que 3 séquences de Deltaproteobacterie (Annotathon nous demande 5 minimum). J'ai donc voulue prendre les Gammaproteobaceteire comme groupe d'étude, le groupe exterieur qui s'en découle est donc les Betaproteobacterie, la encore je n'ai que 4 séquences. J'ai quand meme voulu tenter l'opération seulement mes deux groupes sont encore mélangé. Puis je prendre toute les proteobacterie comme groupe d'étude ? Dans ce cas quel groupe exterieur s'en découle ? Toutes les autres bactéries de ma liste ?

Cordialement 

Maëlle Jarnoux 

Bonjour Maëlle,

J'ai voulu prendre les Gamma, Alpha et Beta proteobacterie comme groupe d'étude? Le groupe extérieur qui s'en découle est donc les Deltaproteobacterie. Hors il n'y a que 3 séquences de Deltaproteobacterie (Annotathon nous demande 5 minimum).

Idéalment il faudra un peu plus des séquences de groupe extérieur, mais s’il n’y a pas, vous pouvez faire l’arbre avec 3 séquences dans le groupe extérieur.

 J'ai donc voulu prendre les Gammaproteobaceteire comme groupe d'étude, le groupe extérieur qui s'en découle est donc les Betaproteobacterie, la encore je n'ai que 4 séquences. J'ai quand meme voulu tenter l'opération seulement mes deux groupes sont encore mélangé.

Les Evaleurs de ces deux groupes sont proches. Donc, ce n’est pas très étonnant.

Puis je prendre toute les proteobacterie comme groupe d'étude ?

Oui.

Dans ce cas quel groupe extérieur s'en découle ? Toutes les autres bactéries de ma liste ?

Oui.

Bon courage :)
Emese Meglecz