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NCBI Blast : bouton Reformat, autre option? |
MarinePapot
14 Mar 2022 17:09
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Bonjour,
Je ne parviens pas à trouver comment "exporter" ou enregistrer mes résultats de Blast comme dans la régle du jeu.
J'ai bien l'option "Download all > text" (à moi de séléctionner manuellement le nombre de séquence que je souhaite télécharger) mais je ne trouve pas de bouton "Reformat" ou encore "Lineage Report", avec les paramétres réglables.
Est-ce que l'export format text retourne les mêmes informations que le bouton "Reformat"?
J'ai copié dans les résultats brut ce que j'ai pu exporter.
Si quelqu'un veut bien m'éclairer, merci d'avance !
Marine
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AgatheB
14 Mar 2022 17:22
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Normalement tu dois trouver dans Ametice une video "Copier-coller les résultats d'un blast", elle est dans les vidéos supplémentaires. Cela répond à ta question?
Bonne journée!
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robindurand
14 Mar 2022 17:39
Contribution non évaluée |
Salut Marine,
Personnellement, j'ai utilise la fonction "télécharger" quand tu es dans l'onglet "alignements" (format text). Le format n'est pas exactement pareil quand dans les vidéos et le tuto mais parfaitement reconnu par les outils (TaxReport par exemple).
Bon courage !
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Meglecz21CTES
14 Mar 2022 17:55
Maître de jeu |
Bonjour à tous,
Merci pour les réponses d’Agathe et Robin.
Les deux sont très biens |
MarinePapot
14 Mar 2022 18:31
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Ah oui, merci beaucoup !
J'ai pris les vidéos dans l'ordre, je n'avais pas vu le tuto.
Merci à tous pour votre rapidité!
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MarinePapot
30 Mar 2022 7:42
Contribution non évaluée |
Bonjour,
J'ai une question très générale sur Blast, je ne savais pas trop où la poser.
Pourquoi le nombre de séquences trouvé par Blast varie selon l'heure ou le jour de la recherche?
Pour une même séquence, avec les mêmes paramétres, le nombre de séquences varie de 5000 à 4992.
Qu'est-ce qui explique cette variation?
Merci,
Marine
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Meglecz21CTES
30 Mar 2022 14:27
Maître de jeu |
Bonjour Marine,
Êtes-vous absolument certaine que tous les paramètres ont été identiques. BDD, Evaleur, Exclure des séquences environnementales …
Si oui, alors la seule idée que j’ai c’est la mise à jour de la BDD. Ils sont quotidiens.
Si les Evaleurs les plus élevées sont dans le même ordre de grandeur entre vos différentes recherches, et si vous êtes sûre de vos paramètres, alors vous pouvez ignorer cette variabilité. Cela influence très probablement les hits les moins bons.
Bon travail,
Emese Meglecz
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