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Thread subject: NCBI Blast : bouton Reformat, autre option?

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NCBI Blast : bouton Reformat, autre option?
MarinePapot
14 Mar 2022 17:09
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Bonjour, 

Je ne parviens pas à trouver comment "exporter" ou enregistrer mes résultats de Blast comme dans la régle du jeu.

 

J'ai bien l'option "Download all > text" (à moi de séléctionner manuellement le nombre de séquence que je souhaite télécharger) mais je ne trouve pas de bouton "Reformat" ou encore "Lineage Report", avec les paramétres réglables.

Est-ce que l'export format text retourne les mêmes informations que le bouton "Reformat"?
J'ai copié dans les résultats brut ce que j'ai pu exporter.

 

Si quelqu'un veut bien m'éclairer, merci d'avance !

Marine

AgatheB
14 Mar 2022 17:22
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Bonjour, 

 

Normalement tu dois trouver dans Ametice une video "Copier-coller les résultats d'un blast", elle est dans les vidéos supplémentaires. Cela répond à ta question? 

 

Bonne journée! 

robindurand
14 Mar 2022 17:39
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Salut Marine,

 

Personnellement, j'ai utilise la fonction "télécharger" quand tu es dans l'onglet "alignements" (format text). Le format n'est pas exactement pareil quand dans les vidéos et le tuto mais parfaitement reconnu par les outils (TaxReport par exemple).

 

Bon courage !

Meglecz21CTES
14 Mar 2022 17:55
Game master

 


Bonjour à tous,

 

Merci pour les réponses d’Agathe et Robin.
Les deux sont très biens

MarinePapot
14 Mar 2022 18:31
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Ah oui, merci beaucoup !
J'ai pris les vidéos dans l'ordre, je n'avais pas vu le tuto.
Merci à tous pour votre rapidité! 

MarinePapot
30 Mar 2022 7:42
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Bonjour, 

J'ai une question très générale sur Blast, je ne savais pas trop où la poser.

 

Pourquoi le nombre de séquences trouvé par Blast varie selon l'heure ou le jour de la recherche?

Pour une même séquence, avec les mêmes paramétres, le nombre de séquences varie de 5000 à 4992.

 

Qu'est-ce qui explique cette variation?

 

Merci,

Marine

 

Meglecz21CTES
30 Mar 2022 14:27
Game master

Bonjour Marine,


Êtes-vous absolument certaine que tous les paramètres ont été identiques. BDD, Evaleur, Exclure des séquences environnementales …


Si oui, alors la seule idée que j’ai c’est la mise à jour de la BDD. Ils sont quotidiens.


Si les Evaleurs les plus élevées sont dans le même ordre de grandeur entre vos différentes recherches, et si vous êtes sûre de vos paramètres, alors vous pouvez ignorer cette variabilité. Cela influence très probablement les hits les moins bons.

 

Bon travail,
Emese Meglecz