Bonjour,
1. Il est difficile à savoir si la séquence que vous avez choisie est prometteuse avant d’avoir les résultats de BLAST.
Vous avez mis dans la conclusion « 2 ORFs ( 1er hypothetique) 2e 84% »
Si cela veut dire que le première ORF n’a que des homologues avec des fonctions hypothétiques, mais le 2e ORF ont des homologues avec fonctions connus, et le meilleur hit à 84%identité, alors oui, l’ORF 2 a l’aire d’être prometteur. À confirmer avec les résultats de BLASTp et la phylogénie (envoi2)
2. Je suppose que vous parlez de cet ORF :
>Translation of ORF number 3 in reading frame 1 on the reverse strand.
VKSTLDRSVAPLTKVPNPLVPGCSWIKVPDAPDALYEVSPICVRPCGAEKLARFIRPANC
Il est composé de 60 aa, il n’y a pas de codon STOP à la fin (pas * à la fin de la traduction)
3. Vous pouvez utiliser le graphique produit par NCBI ORFfinder. En effet, avec le réglage de 150 nt, vous pouvez avoir quelques ORF qui sont plus courts que 60 aa. Mentionnez dans la légende de la figure que les ORFX et ORFY sont à ignorer, car ils sont plus courts que la valeur seuil qu’on a choisi. (60 aa).
Attention, dans NCBI ORF finder, les positions des ORFs sur le brin indirecte sont données par rapport au brin direct. Par exemple, pour l’ORF 8 les positions de NCBI sont données comme 1879-1592, ce qui correspond à 1–288. Faites la conversion dans le tableau 1, SVP.
Bon travail,
Emese Meglecz