Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Sujet de discussion: Choix du profil Interpro pour table 2

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Choix du profil Interpro pour table 2
ilonaMi
13 Oct 2021 19:57
Contribution non évaluée

Bonsoir monsieur, 

 

Je suis hésitante quant au choix des domaines à conserver. En effet, je ne sais pas si je dois plutôt retenir dans la table 2, la famille (TonB-dependent receptor-like) avec une e-value de 1.2E-80, ou alors plutôt les deux domaines prédits par Interpro (ou les deux superfamilles plutôt car les e-values sont meilleures : 11 log et 27 log d’écart respectivement).

 

Je tiens aussi à préciser que les 3 descriptions (domaines à superfamilles) sont les mêmes, mais avec une petite subtilité :

  • La description de la famille me donne un petit paragraphe de 3 lignes en plus sur le fait que cette famille de protéine est constituée de deux domaines.
  • Les descriptions sont identiques entre le domaine/superfamille plug et les mêmes entre le domaine/superfamille beta-barrel (mais chacun des deux domaines/superfamilles a aussi un petit paragraphe de plus précisant sa fonction respective).

Ainsi, avec des e-value quasiment similaires à celle de la famille, j’aurais choisi les domaines ou les superfamilles pour mon tableau.

 

Je pense garder les 2 superfamilles puisqu’elles apportent des informations sur les domaines protéiques conservés, même si elles ont des e-values plus faibles que celle de la famille.  

 

Merci pour votre retour et bonne soirée

 

Ilona Mignerey