Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Newick tree

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Newick tree
ElisaM
11 May 2021 14:50
Contribution non évaluée

Bonjour,

J'essaye de réenraciner mon arbre avec plus de valeurs pour les groupes extérieurs or il 'affiche le message d'erreur suivant:

 

ERROR: Outgroup's LCA is tree's root - cannot reroot. Try -l.

 

J'ai essayé d'écrire : BPAPP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera BPARC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales et cela ne marche pas, est-ce un problème du logiciel ou de moi qui est mal choisi les deux noms à mettre pour enraciner mon arbre?

 

 

mon arbre est le suivant :

                                                                   +-------+ BPAKKK2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kordiimonada                                       
                                                                   |                                                                                                                
                                                                   |               +---------------------+ BPAHCC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Holosporales         
                                                                   |               |                                                                                                
                                                                   |               |   +--------------+ BPARTT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill            
                                                                   |             +-+ 0.0000000000                                                                                   
                                                                   |             | |   |--------------------+ BPAHCC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Holosporales      
                                                                   |             | |   |                                                                                            
                                                                   |             | |   |                   +---+ BPARAK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill   
                                                                   |             | +---+ 0.745000     +----+ 0.869000                                                               
                                                                   |             |     |         +----+ 0.853000--+ BPARAA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
                                                                   |       +-----+ 0.848000      |    |                                                                             
                                                              +----+ 0.833000    |     +---------+ 0.969000-------+ BPARAA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
                                                              |    |       |     |               |                                                                                  
                                                              |    |       |     |               +----------+ BPARA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirilla      
                                                              |    |       |     |                                                                                                  
                                                              |    |       |     +--------------+ BPARAG1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                  
                                                              |    |       |                                                                                                        
                                                              |    |    +--+ 0.616000       | BPAKKK5-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kordiimonada                      
                                                              |    |    |  |          +-----+ 0.945000                                                                              
                                                              |    |    |  |     +----+ 0.902000BPAKKK4-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kordiimonada                    
                                                              |    |    |  |     |    |                                                                                             
                                                              |    |    |  |+----+ 0.853000--+ BPAKKK6-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kordiimonada                     
                                                         +----+ 0.602000|  ||    |                                                                                                  
                                                         |    |    +----+ 0.829000-----------+ BPARRT2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                     
                                                         |    |         |  ++ 0.647000                                                                                              
                                                         |    |         |   |    +-----+ BPARRT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                           
                                                         |    |         |   +----+ 0.848000                                                                                         
                                                         |    |         |        +--------------+ BPARRO1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                  
                                                         |    |         |                                                                                                           
                                                  +------+ 0.890000     |       +--------------------+ BPARRN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill             
                                                  |      |    |         +-------+ 0.797000                                                                                          
                                                  |      |    |                 +---------------------+ BPAKKK3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kordiimonada            
                                                  |      |    |                                                                                                                     
                                                  |      |    +---------+ BPAKKK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kiloniellale                                          
                                                  |      |                                                                                                                          
                                                  |      +----------+ BPARR1-Bacte                                                                                                  
                                                  |                                                                                                                                 
                                                  |                                       | BPAHRS2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                        
                                                  |                             +---------+ 0.963000                                                                                
                                                  |                      +------+ 0.907000+-+ BPAHRS1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                      
                                                  |                      |      |                                                                                                   
                                                  |                 +----+ 0.436000------------+ BPAHBR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                   
                                                  |                 |    |                                                                                                          
                                                  |                 |    +-----+ BPAHBN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                                   
                                               +--+ 0.742000        |                                                                                                               
                                               |  |            +----++0.5680004-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                                            
                                               |  |            |    |+ 0.793000                                                                                                     
                                               |  |            |    || BPAHBB3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                                             
                                               |  |            |    | 0.000000                                                                                                      
                                               |  |            |    | | BPAHBB2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                                            
                                               |  |            |    +-+ 0.882000                                                                                                    
                                               |  |            |      | BPAHBB1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                                            
                                               |  |            |                                                                                                                    
                                               |  |      +-----+ 0.769000                     +--------+ BPAPPP4-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Parvularcula           
                                               |  |      |     |                          +---+ 0.791000                                                                            
                                               |  |      |     |            +-------------+ 0.991000-+ BPAPPP3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Parvularcula             
                                               |  |      |     |            |             |                                                                                         
                                               |  |      |     |            |             +------------+ BPAPPP2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Parvularcula           
                                               |  |      |     |          +-+ 0.109000                                                                                              
                                               |  |      |     |          | |               +---+ BPAHRu2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                  
                                               |  +------+ 0.720000       | +---------------+ 0.988000                                                                              
                                               |         |     +----------+ 0.963000        +-+ BPAHRu1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                    
                                               |         |                |                                                                                                         
                                               |         |                | +---+ BPAPPM1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Parvularcula                                  
                                               |         |                +-+ 0.764000                                                                                              
                                               |         |                  +----+ BPAPPP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Parvularcula                                 
                                               |         |                                                                                                                          
                                   +-----------+ 0.907000+-------------+ BPAHAA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                                           
                                   |           |                                                                                                                                    
                                   |           |                                                        ++ BPARAW3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale         
                                   |           |                                                        | 0.000000                                                                  
                                   |           |                                                    +---++0.921000-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale         
                                   |           |                                                    |   |                                                                           
                                   |           |                        +---------------------------+ 1.000000RAW1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale         
                                   |           |                        |                           |                                                                               
                                   |           |                  +-----+ 0.779000                  | BPARAW2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale              
                                   |           |                  |     |                                                                                                           
                                   |           |                  |     +--------------+ BPARR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales                           
                                   |           |                  |                                                                                                                 
                                   |           |                  |                               | BPARRR3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale                
                                   |           |               +--+ 0.222000      +---------------+ 0.996000                                                                        
                                   |           |               |  |      +--------+ 0.659000      | BPARRR2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale                
   +-------------------------------+ 1.000000  |               |  |      |        |                                                                                                 
   |                               |           |               |  |   +--+ 0.755000--+ BPARRR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale                             
   |                               |           |               |  |   |  |                                                                                                          
   |                               |           |         +-----+ 0.829000.733000-----------------+ BPARRR4-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale                 
   |                               |           |         |     |      |                                                                                                             
   |                               |           |         |     |      +------------------------------+ BPARCC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale             
   |                               |           |   +-----+ 0.792000                                                                                                                 
   |                               |           |   |     |     +---------------------+ BPARC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales                             
   |                               |           +---+ 0.656000                                                                                                                       
   |                               |               |     +-------------------------------+ BPAPPC3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                         
 +-+ 0.816000                      |               |                                                                                                                                
 | |                               |               +---------------+ BPAPPC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                               
 | |                               |                                                                                                                                                
 | |                               |                          +---+ BPAPu1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                                
 | |                               |                +---------+ 0.943000                                                                                                            
 | |                               +----------------+ 0.955000++ BPAPP3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                                   
=| |                                                |                                                                                                                               
 | |                                                +------+ BPAPPC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                                       
 | |                                                                                                                                                                                
 | | OMRGCv2-9592050-Traduction-10-498-sens-indirect                                                                                                                                
 |                                                                                                                                                                                  
 +--+ BPAPP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                                                                                              
 |                                                                                                                                                                                  
 +-----------------+ BPAPP2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                                                                               
                                                                                                                                                                                    
 |---------------------------|---------------------------|---------------------------|----------------------------|                                                                 
 0                        0.25                         0.5                        0.75                            1                                                                 
 substitutions/site                                                                                                     

 

 

 

Merci beaucoup

Meglecz20CTES
12 May 2021 8:14
Maître de jeu

Bonjour Élisa,


C’est n’est pas une erreur de logiciel, vous avez mal choisi les identifiants.


Il ne sera pas possible de parfaitement séparer les Pelagibacterales et des autres ordres. Faites une recherche sur les Pelagibacterales et Rickettsiales pour établir leur relation au sein des alphaproteobacteria. Cela va vous aider de redéfinir légèrement le groupe d’étude et extérieur (sans devoir choisir des séquences autrement).

 

Pour aide, dans votre arbre, il faut trouver le nœud qui représente le plus récent ancêtre commun de groupe extérieur. Le reste est dans les vidéos.

 

Bon travail,
Emese Meglecz

ElisaM
12 May 2021 10:09
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

J'ai essayé de le faire avec seulement le groupe d'étude et les Rickettsiales ainsi que l'ORF. Comme les deux groupes ne sont pas réellement séparé, cela veut dire que mon résultat est faux? Faut-il changer? Ou cela veut-il dire qu'il y a eu des évolutions communes ou des liens entre ces espèces?

 

 j'obtiens cela:

 

                                                                 +--------------------------------+ BPARC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales                
                                                        +--------+ 0.728000                                                                                                         
                                                        |        +----------------------+ BPARR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales                          
                                                        |                                                                                                                           
                                                        |                                                         | BPARRR3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale
                                                        |                                 +-----------------------+ 0.993000                                                        
                                                        |                +----------------+ 0.901000              | BPARRR2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale
                                                        |                |                |                                                                                         
                                             +----------+ 0.919000+------+ 0.772000       +----+ BPARRR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale                   
                                             |          |         |      |                                                                                                          
                                             |          |  +------+ 0.788000------------------------------+ BPARRR4-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale        
                                             |          |  |      |                                                                                                                 
                                             |          |  |      +-----------------------------------------------+ BPARCC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale
                                             |          |  |                                                                                                                        
                                             |          +--+ 0.280000                                            ++ BPARAW3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale
                         +-------------------+ 0.949000    |                                                     | 0.000000                                                         
                         |                   |             |                                               +-----++0.861000-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale
                         |                   |             |                                               |     |                                                                  
                         |                   |             +-----------------------------------------------+ 1.000000PARAW1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale
                         |                   |                                                             |                                                                        
                         |                   |                                                             | BPARAW2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiale       
                         |                   |                                                                                                                                      
 +-----------------------+ 0.999000          | +----------------------------+ BPAPPC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                      
 |                       |                   +-+ 0.286000                                                                                                                           
 |                       |                     +--------------------------------------------------+ BPAPPC3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                
 |                       |                                                                                                                                                          
 |                       |                                       +--------+ BPAPu1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                        
 |                       |                         +-------------+ 0.954000                                                                                                         
=|                       +-------------------------+ 0.965000    +--+ BPAPP3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                              
 |                                                 |                                                                                                                                
 |                                                 +--------+ BPAPPC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                                      
 |                                                                                                                                                                                  
 |                       +-+ OMRGCv2-9592050-Traduction-10-498-sens-indirect                                                                                                        
 |                       |                                                                                                                                                          
 +-----------------------+ 0.778000PAPP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                                                                  
                         +---+                                                                                                                                                      
                             +-------------------------------+ BPAPP2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                                     
                                                                                                                                                                                    
 |----------------------------------|-----------------------------------|----------------------------------|-------                                                                 
 0                                0.2                                 0.4                                0.6                                                                        
 substitutions/site                                                                                                                                                                 
                                                                                                                                                                                    

[Results end]

Meglecz20CTES
12 May 2021 18:06
Maître de jeu

Re-bonjour Elisa,

 

Je vous ai suggéré à garder les mêmes séquences, mais modifiez la définition de groupe d’étude.


Ceci dit, votre solution n’est pas mal non plus. Par contre vous n’avez toujours pas placé la racine correctement.
Dans votre dernier arbre, identifiez le dernier ancêtre commun des séquences des Rickettsiales et suivez les vidéos pour voir comment sélectionner des identifiants.

J’arrête de vous aider à ce point.

 

Bonne soirée,
Emese Meglecz