Bonjour,

Avec mon binome nous rencontrons un problème dans le choix de notre groupe externe, en effet si l'on se base sur l'arbre de vie dans ametice la stratégie n'est pas cohérente avec nos résultats dans la table 5. 

Nous aurions aimé avoir plus de précision, nous avons envoyé par mail nos arbres phylogénétiques trouvés pour que vous puissiez nous expliquer notre soucis.

Cordialement,

Bonjour,

C'est une suggestion mais vous pouvez essayer d'utiliser LifeMap (Université de Lyon) qui se base sur les taxonomies de NCBI, puisqu'elles sont mises à jour régulièrement ça pourrait peut-être régler votre problème.

Cordialement,

Bonjour,

le problème vient apparement du choix de votre groupe d'étude.

Vous avez choisi visiblement GE = Bactéroidetes...

Mais êtes-vous sûres que les "Candidatus-Marinimicrobia" fassent partie du phylum des Bactéroidetes ? (cf votre table 5)

Car ce n'est pas ce que je vois dans le TaxReport ou dans la Taxlist...

Je vois : Bacteria-Candidatus-Marinimicrobia

Ils semblent donc être au même niveau que les autres groupes taxonomiques bactériens...

Etant donné que vous n'avez pas suffisamment de séq de Candidatus-Marinimicrobia, vous ne pouvez pas vous restreindre à ce groupe pour le groupe d'étude.

Il faut donc élargir le groupe d'étude à ensemble des bactéries : et votre arbre semble effectivement cohérent en ce sens par rapport à la place des Candidatus-Marinimicrobia et des bactéroidetes.

Si votre groupe d'étude est "ensemble des bactéries" : quel sera le groupe externe à utiliser ?

Bon travail,

BW

PS :Vous pouvez simplifier d'avantage votre table 5 (cf règles du jeu) : "notez que ce tableau de synthèse doit être précis pour les taxa les plus proches, et peut devenir moins précis avec par exemple juste une ligne par Phylum ou même Règne pour les taxa les plus éloignés.

Bonjour, oui nous avons remarqué qu'il semblerait que Candidatus Marinimicrobia soit un phylum appartenant au règne des Batéries. De ce fait, si on choisi comme groupe d'étude l'ensemble des bactéries puisque nous n'avons pas assez de séquences des Candidatus Marinimicrobia, pouvons nous choisir comme groupe externe les archées ? Malheureusement nous avons seulement 3 résultats pour ce règne... 

Oui, si GE = ensemble des bactéries, le niveau équivalent est Archaea, mais aussi eucaryotes, donc groupe externe = archaea + eucaryotes : il faudrait donc des représentants des ces 2 règnes pour le groupe externe (sauf si vous n'avez vraiment auncune séquence d'eucaryotes par exemple).

Pour récupérer plus de séq d'archae et d'eucaryotes pour le groupe externe : relancez un blast contre nr, avec votre séq requête, en spécifiant "Archaea" dans le champ "Organim" (sous le menu déroulant pour choisir la database) avant de lancer le blast. Vous ne chercherez ainsi que des séq similaires d'archae. Et ensuite vous procédez de la même manière : récupération du résultat au format texte, taxreport, et sélection de 7-8 séq d'archaea. Attention à la e-value, il faut que ce soit bien des homologues.

Et vous faites de même pour les "eucaryota" : 7-8 séq si possible, sinon, si vous n'en avez pas suffisamment, vous sur-représentez les archaea, mais vous précisez que c'est parce que vous n'avez pas suffisamment de séquences d'eucaryotes.

Bon travail,

BW