Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Toutes les séquences homologues proviennent d'organismes inconnus (séquences métagénomiques)

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Toutes les séquences homologues proviennent d'organismes inconnus (séquences métagénomiques)
stefcec
21 Mar 2007 12:55
Non evaluated contribution
bonjour, j'ai un petit souci avec ma deuxième sequence etant donner que que nous avons que des metagenome marin  dans notre arbre nous ne pouvons pas determiner les paralogues et/ou orthologues, non?
Brochier_B07
21 Mar 2007 17:36
Game master
Si vous n'avez que des fragments de génome qui proviennent de l'environnement (et donc d'organismes non clairement identifiés), vous ne pouvez pas déterminer les événements de spéciation et de duplication et donc vous ne pouvez pas déterminer quels sont les orthologues et les paralogues. De la même façon vous ne pouvez raisonner que sur un arbre phylogénétique non raciné. Ceci implique que vous ne pouvez pas raisonner en terme de relations de parenté entre les séquences. Vous pouvez uniquement raisonner en terme de distances évolutives (sur un arbre obtenu par NJ où les longueurs de branches ont un sens).
Cordialement,
Céline Brochier