Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: arbre

[ Return to forums ]
arbre
lea19
18 Apr 2021 12:48
Non evaluated contribution

bonjour ,

merci pour votre réponse j'ai essayé plusieurs possibilités mais en vain ! avez vous une solution ? j'ai l'impression qu'ils sont pas si fameux que ça mes 2 arbres ci joint, 

cordialement, 

léa

 

 

 

 

 

 

arbre 1 er choix +------+ BBFFFC1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                  
                 +-+ 0.365000                                                                                 
               +-+ 0.892000FFFM1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                     
               | |                                                                                            
              ++ 0.139000BFFFM2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                      
              ||                                                                                              
             +++0.716000BCCCu1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Cyclobact                       
             ||                                                                                               
          +--++0.869000CCC1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Cyclobact                          
          |  |                                                                                                
          |  +--+ BBCCFu1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Flammeovi                            
          | 0.070000                                                                                          
          |       +--------+ BBSSS1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Saprospi                 
     +----+-0.8720000.992000                                                                                  
     |    |       +------+ BBSSLF1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Lewinel                   
     |    |                                                                                                   
 +---+ 0.966000-----+ BBFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v                        
 |   |                                                                                                        
 |   |        +--+ BBFFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Fl                           
 |   +--------+ 0.988000                                                                                      
 |            | OMRGCv2-9519060-Translation-187-1494-direct-strand                                            
 |                                                                                                            
 |                       +-------------+ BBSS1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacteriales     
 |                    +--+ 0.494000                                                                           
 |              +-----+ 0.904000+ BBFFFA1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F            
 |              |     |                                                                                       
 |              |     +-------+ BBFFFS1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F              
=|              |                                                                                             
 |         +----+ 0.856000 +------+ BBFFFM3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F          
 |         |    |       +--+ 0.675000                                                                         
 |         |    |     +-+ 0.366000----+ BBFFFE1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F      
 |         |    |     | |                                                                                     
 |         |    +-----+ 0.968000----+ BBFFFA2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F        
 |   +-----+ 0.890000 |                                                                                       
 |   |     |          +------+ BBFFFL1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F               
 |   |     |                                                                                                  
 |   |     |        +----------+ BBSSSP1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial             
 |   |     +--------+ 0.955000                                                                                
 +---+ 0.861000     +------------+ BBFFFR1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F           
     |                                                                                                        
     |          +-----------+ BBFFFG1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                
     |   +------+ 0.963000                                                                                    
     |   |      +-----------+ BBSSLL1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Lewinel                
     |   |                                                                                                    
     +---+ 0.972000--------------------+ BBSSHH1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Halisco     
         |       |                                                                                            
         |       |      +------------+ BBBB1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-E-value9        
         +-------+ 0.774000.836000                                                                            
                 |  |   +-------------------+ BBBMMu1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Marinilabiliales-Mari
                 +--+ 0.170000                                                                                
                    | +-------------+ BBCCCN1-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi        
                    | |                                                                                       
                    +-+ 0.700000BBCCCC3-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi              
                      +---+                                                                                   
                          +------+ BBCCCC2-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi           
                                                                                                              
 |--------|---------|--------|--------|------                                                                 
 0     0.25       0.5     0.75        1                                                
                       
 substitutions/site

2 âme choix 
  +------+ BBFFFC1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F     
                              +-+ 0.365000                                                                    
                            +-+ 0.892000BFFFM1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F       
                            | |                                                                               
                           ++ 0.139000BFFFM2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F         
                           ||                                                                                 
                          +++0.716000BCCCu1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Cyclobact          
                          ||                                                                                  
                       +--++0.869000CCC1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Cyclobact             
                       |  |                                                                                   
                       |  +--+ BBCCFu1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Flammeovi               
                      ++ 0.070000                                                                             
                      ||       +--------+ BBSSS1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Saprospi    
                  +---++0.872000 0.992000                                                                     
                  |   |        +-------+ BBSSLF1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Lewinel     
                  |   |                                                                                       
         +--------+ 0.966000-----+ BBFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v           
         |        |                                                                                           
         |        |        +--+ BBFFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Fl              
         |        +--------+ 0.988000                                                                         
         |                 | OMRGCv2-9519060-Translation-187-1494-direct-strand                               
         |                                                                                                    
         |                    +-------------+ BBSS1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacteriales
         |                +---+ 0.494000                                                                      
     +---+ 0.861000 +-----+ 0.904000-+ BBFFFA1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F       
     |   |          |     |                                                                                   
     |   |          |     +--------+ BBFFFS1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F         
     |   |          |                                                                                         
     |   |     +----+ 0.856000 +--------+ BBFFFM3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F    
     |   |     |    |        +-+ 0.675000                                                                     
     |   |     |    |      +-+ 0.366000----+ BBFFFE1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F 
     |   |     |    |      | |                                                                                
     |   |     |    +------+ 0.968000----+ BBFFFA2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F   
 +---+ 0.972000+ 0.890000  |                                                                                  
 |   |         |           +------+ BBFFFL1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F          
 |   |         |                                                                                              
 |   |         |        +-----------+ BBSSSP1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial        
 |   |         +--------+ 0.955000                                                                            
 |   |                  +-------------+ BBFFFR1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F      
 |   |                                                                                                        
=|   |       +-----------+ BBFFFG1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                   
 |   +-------+ 0.963000                                                                                       
 |           +-----------+ BBSSLL1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Lewinel                   
 |                                                                                                            
 |   +----------------------+ BBSSHH1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Halisco                
 |   |                                                                                                        
 |   |      +------------+ BBBB1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-E-value9                    
 +---+ 0.774000.836000                                                                                        
     |  |   +--------------------+ BBBMMu1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Marinilabiliales-Mari           
     +--+ 0.170000                                                                                            
        | +--------------+ BBCCCN1-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi                   
        | |                                                                                                   
        +-+ 0.700000 BBCCCC3-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi                         
          +---+                                                                                               
              +-------+ BBCCCC2-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi                      
                                                                                                              
 |---------|--------|---------|---------|----                                                                 
 0      0.25      0.5      0.75         1                                                                     
 substitutions/site                                                                                           
                                        

Meglecz20CTES
18 Apr 2021 19:43
Game master


Bonjour Léa,


Comme je disais  (http://annotathon.org/?seeThread=3068 ) il n’y a pas de solution idéale dans votre cas. Le deuxième arbre me parait mieux, car une des branches a que des séquences de groupe extérieur. Ceci dit, mon choix est assez arbitraire.


Proposez des hypothèses pour expliquer la non-séparation des groupes.


Courage,
Emese Meglecz