Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: pourcentage d'identité

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pourcentage d'identité
rachel
16 Apr 2021 13:22
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j'ai choisi une séquence en faisant une recherche rapide d'homologues. je trouve 87% id max. maintenat en lançant blast pour chaque ORF, je trouve pour les deux derniers ORF : 87% (tout va bien) et pour le dernier 99% ! comment se fait-il, k'

rachel
16 Apr 2021 13:24
Contribution non évaluée

je n'ai pas fini mon message.... comment se fait-il que sachant que j'ai lancé les blast pour les deux brins , je trouve un pourcentage d'id max plus grand dans un des oRFs. est-ce que je peux quand même garder ma sequence?

merci

AnaisE
16 Apr 2021 21:00
Contribution non évaluée

Je ne sais pas, mais une explication que je pourrais imaginer est que les résultats de Blast sont classés par défaut par score (E-valeur) et non par % d'identité, donc si tu as plusieurs ORF, le plus haut % d'identité n'apparait pas forcément au sommet de tes résultats.

 

Cela dit, je n'ai vu que 2 ORFs known dans ta séquence, pas trois, donc je n'ai pas croisé ton ORF à 99%. (Es-tu sûre qu'il ne s'agit pas plutôt de la query cover ?)

Meglecz20CTES
17 Apr 2021 14:26
Maître de jeu

Bonjour Rachel et Anaïs,


« …les résultats de Blast sont classés par défaut par score (E-valeur) et non par % d'identité, donc si tu as plusieurs ORF, le plus haut % d'identité n'apparait pas forcément au sommet de tes résultats. »


Oui, c’est ça.


L’Evaleur est le reflet de la similarité entre les séquences ET la longueur de l’alignement.
Un alignement court avec un % identité très élevé peut avoir un Evaleur plus élevé  qu'un alignement  long avec %identité moins important.

 

Bon travail
Emese Meglecz

 

rachel
19 Apr 2021 11:06
Contribution non évaluée

merci beaucoup pour vos réponses! 

 

en effet Anaïs, j'ai du confondre puisque je ne l'ai pas retrouvée!