Forum "Recherche d'ORF"

Sujet de discussion: Codon stop

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Codon stop
Ampen-sarah
13 Apr 2021 14:33
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

J'ai un soucis, mes deux ORFs sont codants mais les deux présentent des codons stop dans la séquence, dois-je les "abandonner" ?

 

Merci cordialement

AnaisE
13 Apr 2021 15:04
Contribution non évaluée

Salut Sarah,

 

Vérifie que ça ne soit pas parce que tu as rentré les 3 derniers nucléotides de tes séquences. Il faut soustraire ces nucléotides lorsque tu entres la longueur d'une séquence complète en 3', car ces derniers nucléotides codent un STOP. Annotathon traduit ta séquence et voit qu'il y a un STOP à la fin de ta protéine, d'où l'avertissement.

 

Il me semble que la recherche d'ORFs ne devrait pas te retourner de séquence avec un STOP ailleurs qu'à la fin.

Ampen-sarah
15 Apr 2021 18:20
Contribution non évaluée

Salut,

 

Oui c'est vrai que je l'ai fait pour mes autres séquences masi pas celle-ci...

 

Merci Anaïs

Meglecz20CTES
15 Apr 2021 18:24
Maître de jeu

+ pour Anaïs :)