Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: e- value seul

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e- value seul
sterna
6 Apr 2021 22:38
Contribution non évaluée

Bonjour madame, 

lorsque je suis dans un  BLAST contre Swiss Prot, j'ai un doute concernant mon e-value seuil. Est ce qu'un passage de 2,5 à 8,9 peut determiner le seuil?  Surtout que le dernier hit obtenue ne me semble pas du tout de la meme fonctions que les autres. 

J'ai surligné en jaune les données que je ne suis pas sure, pour plus de visibilité.

merci de votre aide 

Meglecz20CTES
7 Apr 2021 12:25
Maître de jeu

Bonjour Sterna,


Cette Evaleur seuil est assez élevée, mais pas aberrante, vu les fonctions des homologues.


Attention, il y a un PSEUDOGENE potentiel, parmi des hits. Bien que les pseudogènes sont des homologues, ils ont leur origine par une duplication de gène, après laquelle une des copies devient non-fonctionnel et peut accumuler des mutations à grande vitesse. Ceci peut compliquer vos analyses.

 

Cordialement,
Emese Meglecz