Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Groupe exterieur

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Groupe exterieur
aminaza
3 Apr 2021 18:09
Contribution non évaluée

Bonjour n'ayant pas trouvé de différence significative de e valu entre les alphaprotobacteria , j'ai pris comme grouoe d'étude le alphaproteobactéria et groupe exterieur les non alphaproteobacteria , est ce que je peux procéder ainsi  sachant que le grouoe ed'étude a une evalue au moin 2' d'ordre de grandeur inferieur par rapport au groupe exterieur , cordialement

AnaisE
3 Apr 2021 21:26
Contribution non évaluée

Salut Aminaza,

 

Juste une remarque pour le choix du groupe extérieur, n'oublie pas qu'il y a plus précis que les "non alphaproteobacteria", regarde sur l'arbre de la FAQ ou dans les vidéos du cours : http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes

 

Et concernant l'ordre de grandeur, j'imagine que tu voulais dire "24", mais attention car il y a plus bas dans ton tableau une ligne à prendre en compte avec une e-valeur plus basse que 1,00E-110...

 

(Désolée d'être aussi cryptique, je ne sais pas à quel point j'ai le droit de t'aiguiller ;)

Meglecz20CTES
4 Apr 2021 15:01
Maître de jeu

Bonjour Amina et Anaïs,


Les commentaires d’Anaïs sont excellents. Merci !


Bon travail,
Emese Meglecz

 

aminaza
6 Apr 2021 17:55
Contribution non évaluée

Bonjour Anais , merci pour votre réponse les on alphaprotobactéria sont les béta et gamma , mais est ce que je peux prendre une éspèce de alpha comme groupe d'étude et les autres ( alpha ) comme groupe exterieur ( comme cité dans la vidéo ) si la différence entre e valu est de l'ordre de 24 seulement , cordialement

Meglecz20CTES
7 Apr 2021 12:05
Maître de jeu

Bonjour Amina,


24 ordres de grandeur de différence est probablement suffisant.


Cordialement,
Emese Meglecz