Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Arbre moins cohérent

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Arbre moins cohérent
ElisaM
31 Mar 2021 8:05
Non evaluated contribution

Bonjour,

j'ai trouvé mon groupe d'étude et mon groupe extérieur et je fais plusieurs test d'arbre pour voir s'il sont logiques et s'ils sont possible à étudier.

Après quelques recherche, j'arrive sur cet arbre ci dessous.

Il me semble peu juste car les Pélagibacter (groupe étude) ont une branche en commun avec des Rhodospirilla.

 

NEWICK TREE MANIPULATION

                                                                    +------------------------+ BPARTT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                     
                                                                 +--+ 0.134000                                                                                                      
                                                                 |  +------------------------------+ BPAHCC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Holosporales               
                                                                 |                                                                                                                  
                                                                 |                             +-----------------+ BPARAA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill 
                                                          +------+ 0.776000                    |                                                                                    
                                                          |      |                    +--------+ 0.858000-------+ BPARAK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill  
                                                          |      |                    |        +--------+ 0.885000                                                                  
                                                          |      |     +--------------+ 0.934000        +---------+ BPARAA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
                                                          |      |     |              |                                                                                             
                                                 +--------+ 0.455000---+ 0.000000     +-------------------+ BPARA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirilla        
                                                 |        |            |                                                                                                            
                                                 |        |            +----------------------+ BPARAG1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                    
                                                 |        |                                                                                                                         
                                                 |        +------------------------------+ BPAHCC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Holosporales                         
                            +--------------------+ 0.958000                                                                                                                         
                            |                    |           +-------------------+ BPARRT2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                                 
                            |                    |           |                                                                                                                      
                            |                    |   +-------+ 0.114000-+ BPARRT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                                          
           +----------------+ 0.965000           |   |       +-------+ 0.713000                                                                                                     
           |                |                    +---+ 0.000000      +-----------------------------+ BPARRO1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill               
           |                |                        |                                                                                                                              
           |                |                        +------------------------------------------+ BPARRN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                  
 +---------+ 0.922000       |                                                                                                                                                       
 |         |                +-----------+ BPARR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirilla                                                                          
 |         |                                                                                                                                                                        
 |         |     +---------------------+ BPAPPC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                                                           
 |         +-----+ 0.751000                                                                                                                                                         
 |               +-------------------------------------------------------------+ BPAPPC3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                   
=|                                                                                                                                                                                  
 |                                                                 +---+ BPAPP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                           
 |                                                             +---+ 0.802000                                                                                                       
 |         +---------------------------------------------------+ 1.000000------------------------+ BPAPP2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                 
 |         |                                                   |                                                                                                                    
 |         |                                                   | OMRGCv2-9592050-Traduction-10-498-sens-indirect                                                                    
 +---------+ 0.953000                                                                                                                                                               
           |                        +----------+ BPAPPC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                                                   
           |                        |                                                                                                                                               
           +------------------------+ 0.951000    +-----+ BPAPu1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                                          
                                    +-------------+                                                                                                                                 
                                                  +-+ BPAPP3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                                              
                                                                                                                                                                                    
 |------------------------------------|-----------------------------------|------------------------------------|---                                                                 
 0                                  0.2                                 0.4                                  0.6                                                                    
 substitutions/site                                                                                                                                                                 
Meglecz20CTES
31 Mar 2021 11:18
Game master

Bonjour Élisa,


Il suffit d’enraciner correctement votre arbre.


Les explications sont dans le vidéo suivant (4.30-8 min)
https://amupod.univ-amu.fr/video/2352-construction-de-larbre-phylogenetique/

 

Cordialement,
Emese Meglecz

 

ElisaM
8 Apr 2021 16:48
Non evaluated contribution

Merci beaucoup,

Le nombre d'individu des deux groupes est-il suffisant ?

 

Merci

Cordialement

Elisa Mante

Meglecz20CTES
9 Apr 2021 11:16
Game master

Bonjour Élisa,

 

Vu que vous n’avez pas beaucoup de hits dans le groupe d’étude, c’est OK pour le nombre des séquences.


Par contre les arbres ne sont toujours pas bien enracinés.


Bon travail,
Emese Meglecz

 

ElisaM
15 Apr 2021 10:47
Non evaluated contribution

Je n'arrive pas à l'enraciner avec le logiciel Newick tree manipulation.

J'ai regardé plusieurs fois la vidéo sur l'abre et plus particulièrement où vous m'avez dit mais lorsque je met "BPAPPC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter BPAHCC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Holosporales" par exemple dans la barre de Root the tree on the following cela ne change pas l'arbre.

Avez vous une autre facon de faire par exemple?

 

(((((((((BPARTT1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.140370,
BPAHCC2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Holosporales:0.173537)
0.107000:0.014767,
(((BPARAA2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.095679,
(BPARAK1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.047078,
BPARAA1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.056574)
0.874000:0.045767)0.856000:0.050872,
BPARA1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirilla:0.111781)
0.946000:0.084368,
BPARAG1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.128465)
0.000000:0.030487)0.787000:0.038594,
BPAHCC1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Holosporales:0.170947)
0.466000:0.046663,
((BPARRT2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.109170,
(BPARRT1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.016503,
BPARRO1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.162976)
0.731000:0.046511)0.118000:0.038917,
BPARRN1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.230228)
0.000000:0.021976)0.964000:0.116129,
BPARR1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirilla:0.062422)
0.968000:0.096155,
(BPAPPC1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Pelagibacter:0.122686,
BPAPPC3_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Pelagibacter:0.343990)
0.769000:0.032583)0.888000:0.105501,
((BPAPP1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Pelagibactera:0.023565,
BPAPP2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Pelagibactera:0.162563)
0.823000:0.021843,OMRGCv2_9592050_Traduction_10-498_sens_indirect:0.000001)
0.999000:0.286280)0.973000:0.138098,
BPAPPC2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Pelagibacter:0.062488)
0.950000:0.077115,
BPAPu1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Pelagibactera:0.034665,
BPAPP3_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Pelagibactera:0.009544);

Meglecz20CTES
15 Apr 2021 18:32
Game master

Bonjour Élisa,


Avez-vous vous le vidéo que j’ai posté cet après-midi ?


https://ametice.univ-amu.fr/pluginfile.php/4447882/mod_resource/content/1/Enracinement_et_interpretation_de_l_arbre.mp4


Si cela ne vous aide pas, revenez vers moi.
Emese Meglecz

 

ElisaM
16 Apr 2021 9:47
Non evaluated contribution
Bonjour,
Grâce à votre vidéo j'ai réussi à faire cela mais il me semble qu'il n'est pas bon non plus. Je travaille le soir mais je vais essayé de demander à mon patron de prendre mon lundi soir pour pouvoir assister à votre séance zoom


 +------------------------+ BPAPPC3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                                                                        
 |                                                                                                                                                                                  
 |                        +-----------------+ BPAPPC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                                                      
 |                        |                                                                                                                                                         
 |                        |                                                 +-------------------+ BPARTT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                  
 |                        |                                               +-+ 0.134000                                                                                              
 |                        |                                               | +------------------------+ BPAHCC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Holosporales             
 |                        |                                               |                                                                                                         
=|                        |                                               |                       +-------------+ BPARAA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill  
 |                        |                                         +-----+ 0.776000              |                                                                                 
 |                        |                                         |     |               +-------+ 0.858000---+ BPARAK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill   
 |                        |                                         |     |               |       +-----+ 0.885000                                                                  
 |                        |                                         |     |   +-----------+ 0.934000    +-------+ BPARAA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill  
 |                        |                                         |     |   |           |                                                                                         
 |                        |                                  +------+ 0.455000+ 0.000000  +---------------+ BPARA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirilla        
 |                        |                                  |      |         |                                                                                                     
 +------------------------+ 0.751000                         |      |         +------------------+ BPARAG1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                 
                          |                                  |      |                                                                                                               
                          |                                  |      +------------------------+ BPAHCC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Holosporales                     
                          |                  +---------------+ 0.958000                                                                                                             
                          |                  |               |        +---------------+ BPARRT2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                            
                          |                  |               |        |                                                                                                             
                          |                  |               |   +----+ 0.114000 BPARRT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                                   
                          |    +-------------+ 0.965000      |   |    +------+ 0.713000                                                                                             
                          |    |             |               +---+ 0.000000  +----------------------+ BPARRO1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill              
                          |    |             |                   |                                                                                                                  
                          |    |             |                   +--------------------------------+ BPARRN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                
                          |    |             |                                                                                                                                      
                          |    |             +--------+ BPARR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirilla                                                            
                          +----+ 0.922000                                                                                                                                           
                               |                                                          +---+ BPAPP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                    
                               |                                                       +--+ 0.802000                                                                                
                               |              +----------------------------------------+ 1.000000-----------------+ BPAPP2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera
                               |              |                                        |                                                                                            
                               |              |                                        | OMRGCv2-9592050-Traduction-10-498-sens-indirect                                            
                               +--------------+ 0.953000                                                                                                                            
                                              |                   +--------+ BPAPPC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibacter                                       
                                              |                   |                                                                                                                 
                                              +-------------------+ 0.951000 +----+ BPAPu1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                
                                                                  +----------+                                                                                                      
                                                                             ++ BPAPP3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera                                    
                                                                                                                                                                                    
 |-----------------------------------|-----------------------------------|------------------------------------|----                                                                 
 0                                0.25                                 0.5                                 0.75                                                                     
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