Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Rapport taxonomique

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Rapport taxonomique
Ampen-sarah
29 Mar 2021 20:32
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Bonjour,

 

J'ai un petit problème pour mon rapport taxonomique.

Pour moi, mon groupe d'étude est celui-ci : 

 

Classification nb lines nb hits min E-value max E-value
Bacteria:Balneolaeota:Balneolia:Balneolales 2 7 5e-132 7e-131

 

Le soucis est que dans le FAQ (dans la partie "L'arbre de la vie, vu par les microbes"), je ne retrouve pas cette bactérie.

Dois-je prendre un autre groupe d'étude ? Si non, quel serait mon groupe extérieur ?

 

Merci cordialement

AnaisE
29 Mar 2021 21:48
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Salut Sarah,

 

Si ça peut t'aider, j'ai croisé ce lien : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=1853223&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock. Si c'est juste, cela signifie que les Balneolales appartiennent aux Bacteroidetes, qui apparaissent bien sur l'arbre (dans le groupe CFB).

 

Meglecz20CTES
30 Mar 2021 17:46
Game master

Bonjour Sarah,


Le lien trouvé par Anaïs est très bien.  Le Balneolaeota fait partie de groupe FCB. Ce groupe ne fait pas partie de Bacteriodetes, mais c’est un phylum proche.

 

Par contre, attention! Le meilleur hit a 99% identité avec l'ORF, donc vous ne devriez pas choisir cette séquence pour les analyses.

 

Cordialement,
Emese Meglecz

 

Ampen-sarah
1 Apr 2021 10:56
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Bonjour,

 

Merci beaucoup Anaïs et aussi à vous Mme Meglecz.

Je n'avais pas fait attention, je vais changer ça.

 

Cordialement