Bonjours j'ai soucis a chosire  le groupe 

 

J'ai opté pour :

 

groupe d'étude : Acidimicrobiia(ordres des Actinobacteria)

groupe extérieur Actinobacteria sauf Acidimicrobiia

 

mais je ne suis pas sur de pouvoir faire de bonne comparaison etant donnée la distribution des résultat de mon taxreport

 

 

je me demande si je ne devrais pas choisirs  autre ORF mieux delimitée avec des E-valeur bien établis ( même si j'ai joué avec les score(BITS) de Taxereport)

 

 

 

 

 

Tableau 5: Synthèse des classifications taxonomiques des protéines alignées par BLASTp contre NR

 

Classification	nb lines	nb hits	min E-value	max E-value
Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia:Acidimicrobiales	10	22	0	3.00E-132
Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia	1	40	2.00E-149	2.00E-149
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria	6	53	0	2.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Jiangellales	19	33	4.00E-149	4.00E-136
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptomycetales	795	1601	5.00E-148	6.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales	241	443	1.00E-147	3.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Motilibacterales	5	10	1.00E-146	2.00E-143
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Corynebacteriales	654	1755	2.00E-145	6.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Micromonosporales	198	443	1.00E-144	5.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Propionibacteriales	124	242	1.00E-144	5.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Nakamurellales	11	17	3.00E-144	4.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Rubrobacteria:Rubrobacterales	8	19	4.00E-143	2.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Pseudonocardiales	54	104	7.00E-143	4.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Actinomycetales	23	48	2.00E-142	4.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Frankiales	11	20	1.00E-141	2.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Micrococcales	278	687	2.00E-141	6.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Geodermatophilales	41	87	2.00E-141	6.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Nitriliruptoria:Nitriliruptorales	2	3	7.00E-141	6.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Nitriliruptoria:Euzebyales	4	6	7.00E-140	1.00E-132
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Sporichthyales	2	2	8.00E-140	1.00E-134
Bacteria:Actinobacteria:Nitriliruptoria:Egibacterales	1	2	1.00E-138	1.00E-138
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Cryptosporangiales	3	5	9.00E-138	1.00E-131
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Glycomycetales	2	2	7.00E-136	3.00E-133
Bacteria:Actinobacteria	2	2	8.00E-135	3.00E-132
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Acidothermales	1	1	1.00E-134	1.00E-134
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Actinopolysporales	12	23	4.00E-134	2.00E-132
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Kineosporiales	2	3	1.00E-133	8.00E-132
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Catenulisporales	1	1	4.00E-133	4.00E-133
Bacteria:Actinobacteria:Thermoleophilia:Thermoleophilales	1	2	6.00E-133	6.00E-133
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Jatrophihabitantales	1	2	1.00E-132	1.00E-132
Bacteria:Firmicutes	1	14	6.00E-156	6.00E-156
Bacteria:Firmicutes:Limnochordia:Limnochordales	2	3	9.00E-149	7.00E-142
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria	6	70	5.00E-155	2.00E-134
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfobacterales	12	25	1.00E-145	4.00E-132
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Syntrophobacterales	5	8	5.00E-145	1.00E-134
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfuromonadales	14	31	1.00E-144	2.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Chromatiales	31	77	6.00E-149	2.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria	4	96	2.00E-146	3.00E-133
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Salinisphaerales	10	17	3.00E-143	2.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Xanthomonadales	95	236	2.00E-140	5.00E-131
Bacteria:Proteobacteria	1	14	2.00E-140	2.00E-140
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Vibrionales	41	140	4.00E-140	5.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Zetaproteobacteria	2	5	4.00E-140	3.00E-138
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Thiotrichales	3	3	2.00E-139	3.00E-133
Bacteria:Proteobacteria:Zetaproteobacteria:Mariprofundales	10	21	9.00E-139	1.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Enterobacterales	1	1	5.00E-138	5.00E-138
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Cellvibrionales	3	12	1.00E-136	5.00E-135
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales	100	240	6.00E-136	5.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Nevskiales	4	6	6.00E-134	1.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria	1	1	7.00E-134	7.00E-134
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Methylococcales	6	7	2.00E-133	2.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhizobiales	1	1	1.00E-132	1.00E-132
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Oceanospirillales	6	9	2.00E-132	2.00E-131
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Legionellales	1	2	4.00E-132	4.00E-132
Bacteria:	16	34	4.00E-154	6.00E-134
Bacteria:Armatimonadetes	1	17	6.00E-152	6.00E-152
Bacteria:Armatimonadetes:Armatimonadia:Capsulimonadales	1	2	5.00E-139	5.00E-139
Bacteria:Armatimonadetes:Chthonomonadetes	1	1	1.00E-137	1.00E-137
Bacteria:Gemmatimonadetes	1	41	9.00E-152	9.00E-152
Bacteria:Gemmatimonadetes:Gemmatimonadetes:Gemmatimonadales	3	15	9.00E-142	4.00E-133
Bacteria:Gemmatimonadetes:Longimicrobia:Longimicrobiales	1	5	3.00E-136	3.00E-136
Bacteria:Acidobacteria	1	44	1.00E-149	1.00E-149
Bacteria:Acidobacteria:Acidobacteriia	1	6	8.00E-144	8.00E-144
Bacteria:Acidobacteria:Blastocatellia	3	4	3.00E-142	1.00E-132
Bacteria:Acidobacteria:Acidobacteriia:Acidobacteriales	2	4	4.00E-133	6.00E-133
Bacteria:Thermotogae	1	2	2.00E-149	2.00E-149
Bacteria:Chloroflexi	8	108	1.00E-148	9.00E-132
Bacteria:Chloroflexi:Thermoflexia:Thermoflexales	1	1	7.00E-147	7.00E-147
Bacteria:Chloroflexi:Caldilineae:Caldilineales	2	6	6.00E-145	5.00E-139
Bacteria:Chloroflexi:Chloroflexia	1	6	3.00E-144	3.00E-144
Bacteria:Chloroflexi:Anaerolineae:Anaerolineales	3	3	9.00E-143	1.00E-132
Bacteria:Chloroflexi:Thermomicrobia:Sphaerobacterales	1	2	4.00E-141	4.00E-141
Bacteria:Chloroflexi:Chloroflexia:Kallotenuales	1	2	3.00E-140	3.00E-140
Bacteria:Chloroflexi:Caldilineae	1	4	8.00E-140	8.00E-140
Bacteria:Chloroflexi:Dehalococcoidia	1	20	2.00E-138	2.00E-138
Bacteria:Chloroflexi:Dehalococcoidia:Dehalococcoidales	1	1	2.00E-138	2.00E-138
Bacteria:Chloroflexi:Ktedonobacteria:Thermogemmatisporales	4	6	3.00E-138	1.00E-137
Bacteria:Chloroflexi:Ardenticatenia	1	3	6.00E-138	6.00E-138
Bacteria:Chloroflexi:Anaerolineae	1	4	3.00E-137	3.00E-137
Bacteria:Chloroflexi:Ktedonobacteria:Ktedonobacterales	16	28	7.00E-137	3.00E-131
Bacteria:Chloroflexi:Ardenticatenia:Ardenticatenales	2	5	1.00E-136	2.00E-132
Bacteria:Chloroflexi:Ktedonobacteria	1	1	5.00E-132	5.00E-132
Bacteria:Nitrospirae	1	27	1.00E-148	1.00E-148
Bacteria:Nitrospirae:Nitrospira:Nitrospirales	19	56	6.00E-138	1.00E-131
Bacteria:Calditrichaeota	1	2	5.00E-147	5.00E-147
Bacteria:Calditrichaeota:Calditrichae:Calditrichales	1	1	4.00E-135	4.00E-135
Bacteria:Thermodesulfobacteria:Thermodesulfobacteria:Thermodesulfobacteriales	1	1	7.00E-147	7.00E-147
Bacteria:Spirochaetes	1	1	4.00E-144	4.00E-144
Bacteria:Spirochaetes:Spirochaetia:Spirochaetales	1	1	3.00E-133	3.00E-133
Bacteria:Bacteroidetes	2	14	9.00E-139	1.00E-131
Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales	1	2	1.00E-137	1.00E-137
Bacteria:Verrucomicrobia:Verrucomicrobiae:Verrucomicrobiales	1	2	2.00E-134	2.00E-134
Bacteria:Verrucomicrobia:Verrucomicrobiae	1	1	2.00E-135	2.00E-135
Bacteria:Verrucomicrobia	1	96	1.00E-142	1.00E-142
Bacteria:Verrucomicrobia:Spartobacteria:Chthoniobacterales	3	13	7.00E-140	1.00E-131
Bacteria:Verrucomicrobia:Opitutae:Opitutales	1	1	2.00E-132	2.00E-132
Bacteria:Deinococcus-Thermus:Deinococci:Thermales	4	6	5.00E-143	8.00E-139
Bacteria:Planctomycetes	1	8	6.00E-143	6.00E-143
Bacteria:Planctomycetes:Phycisphaerae	2	2	5.00E-138	4.00E-136
Bacteria:Planctomycetes:Phycisphaerae:Phycisphaerales	1	3	4.00E-136	4.00E-136
Bacteria:Planctomycetes:Phycisphaerae:Tepidisphaerales	1	2	7.00E-135	7.00E-135
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia	1	1	7.00E-135	7.00E-135
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Pirellulales	2	4	6.00E-134	3.00E-132
Bacteria:Nitrospinae	1	2	8.00E-142	8.00E-142
Bacteria:Balneolaeota:Balneolia:Balneolales	13	27	2.00E-140	1.00E-131
Bacteria:Cyanobacteria	2	2	7.00E-138	1.00E-135
Bacteria:Cyanobacteria:Synechococcales:Leptolyngbyaceae	1	1	6.00E-134	6.00E-134
Bacteria:Rhodothermaeota:Rhodothermia:Rhodothermales	5	8	9.00E-138	5.00E-131
Bacteria:Abditibacteriota:Abditibacteria:Abditibacteriales	1	2	5.00E-136	5.00E-136
Bacteria:Chlorobi:Chlorobia:Chlorobiales	2	2	7.00E-135	8.00E-134
Bacteria:Elusimicrobia	1	2	3.00E-133	3.00E-133
Archaea:Euryarchaeota	1	25	2.00E-142	2.00E-142
Archaea:Euryarchaeota:Halobacteria:Halobacteriales	7	8	4.00E-133	3.00E-131
Archaea:Euryarchaeota:Halobacteria:Haloferacales	1	6	1.00E-131	1.00E-131
Archaea:	2	2	1.00E-134	5.00E-132
Archaea:Thaumarchaeota	1	1	2.00E-131	2.00E-131
Eukaryota:Oomycetes:Pythiales:Pythiaceae	1	2	1.00E-131	1.00E-131

Bonjour,

 

Si je ne me trompe pas, le problème si tu choisis ce groupe est que tu as des Actinobacteria (groupe extérieur) qui ont une e-valeur identique à ton groupe d'étude (c'est-à-dire 0).

 

Il me semble tu peux toujours essayer de re-calculer l'e-valeur réelle à partir du score pour voir la différence véritable entre les deux, ou alors diminuer tes e-valeurs en alignant seulement une partie de la séquence, ou encore choisir les Actinobacteria dans leur ensemble comme groupe d'étude.

Pour les E-valeur je me sert du score de Taxreport ca donne le meme resultat,

 

le soucis c'est que j'ai que 2 choix de groupe, celui que j'ai fait c'est le moins pire je pense

 

je pourrai faire abstraction de :

 

Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobiia	1	40	2.00E-149	2.00E-149
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria	6	53	0	2.00E-131

 

car incomplet

 

le probleme c'est lui :

 

Bacteria:Actinobacteria:Rubrobacteria:Rubrobacterales

8

19

4.00E-143

2.00E-131

 

en plein milieu

 

je sais pas si je peu l'exclure de meme que les non Actinobacteria:Actinobacteria qui sont dans mon tableau en amont.

 

L'autre solution :

 

groupe d'étude : Acidimicrobiales(ordres des Acidimicrobiia)

 

groupe extérieur Acidimicrobiia sauf Acidimicrobiales

 

et la je n'ai rien a comparer 

 

alors soit je me suis tromper quelque par soit l'echantillon n'est pas top pour les recherche et faut que je prenne un autre

 

 

Bonjour Alex,

 

Le pb de choix avec des Acidimicrobiia est double :
1. Vous avez peu de séquences de groupe d’étude. Ce n’est pas un drame, mais pas idéale pour bien représenter le groupe d’étude.
2. Vous avez des séquences de Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria avec des Evaleur comparable. Certes il y a une différence dans les scores, mais le score ne représente pas les ordres de grandeur comme le Evaleur. La différence n’est pas si marquée. Vous ne pouvez pas ignorer la ligne non plus en disant que la ligne est incomplète. On sait que ce n'est pas parti du groupe d'étude.

 

La solution d’Anaïs est raisonnable (phylum d’Actinobacteria), vous pouvez le tenter. Autre possibilité c’est d’utiliser le BDD refseq_proteine, à la place de NR. Comme c’est expliqué dans http://annotathon.org/?seeThread=2857 et http://annotathon.org/?seeThread=2878 le changement de BDD peut faciliter votre tâche.

Bon travail,
Emese Meglecz

 

D'accord,

 

Merci à vous deux