Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: ORF KNOWN ou NOVEL

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ORF KNOWN ou NOVEL
sterna
4 Mar 2021 16:59
Non evaluated contribution

bonjour

Est ce que si notre séquence comporte plus de 150 nt, mais les premiers homologues sont hypothétiques, cela veut dire qu'elle est Novel?

ou bien est il possible de trouver deux ORF KNOWN?

 

 

merci

 

Meglecz20CTES
5 Mar 2021 13:29
Game master

Bonjour,


Si la majorité des homologues sont annotés comme protéine hypothétique vous pouvez les classer comme novel.
Si vous avez que quelques séquences annotées comme protéine hypothétique, mais vous avez des homologues avec des fonctions connues, on peut considérer la séquence comme known.

 

Cordialement,
Emese Meglecz