Bonjour Monsieur,

 

 

Nous aurions une question au sujet d’une de vos annotations.

 

 

Votre annotation :

 

 

« 1. Congruence entre les deux arbres" ==> cette rubrique doit souligner les différences entre les deux arbres (s'il y en a), pas quels sont les groupes monophylétiques (cette description appartient à la rubrique 2) »

 

 

Voici ce que nous avions mis dans notre analyse :

 

1. Congruence entre les deux arbres

 

 

    -> Nous observeons dans nos arbres, les Chloroflexi, les Betaproteobacteria comme groupe monophylétique.

 

Les Firmicutes Clostridiales et les Proteobacteria sont des groupes quasiment monophylétiques sauf par la présence d'un individu dans le groupe des Fimicutes Clostridiales (les firmicutes Erysipelotrichia) et un inidvidu des Deltaproteobacteria qui est séparé du groupe monophylétique des Proteobacteria

 

    -> Les deux arbres racontent la même histoire évolutive, en effet notre ORF semble appartenir au même phylum (les Firmicutes).

 

    -> Les points communs sont que la répartition des différentes des groupes monophylétiques ou et non monophylétiques reste la même (c'est-à-dire : Clostridales ne sont pas monophylétiques à cause de la présence de deux individus de fimicutes Erysipelotrichia et Tissierellia, de même pour les autres phylum du groupe extérieur noté branche B dans nos abres phylogénétiques).

 

 

 

Nous sommes donc retournés dans les règles du jeu pour mieux comprendre ce que nous devions changer.

 

 

Règle du jeu :

 

 

« 1. Congruence entre les deux arbres

    -> Décrivez la topologie de chacun des arbres: quels différents groupes monophylétiques observez-vous? 

    -> Est-ce que les deux arbres racontent la même histoire évolutive?

    -> Identifiez les points communs, ainsi que les incohérences éventuelles. »

 

 

Donc nous sommes dans une impasse : que devons nous mettre dans la rubrique « congruence des arbres » ?

 

Merci d’avance

 

 

Emma, Fabio, Ombeline

Bonsoir,

La formulation des aspects à couvrir dans la rubrique "1. Congruence entre les deux arbres" doit clairement prêter à confusion (il faut donc que je reformule), car plusieurs rapports d'annotation traitent des trois points énoncés dans les règles du jeu de façon indépendante et dans l'ordre où ils apparaissent dans les règles du jeu. Pendant de très nombreuses années je n'avais pas proposé de plan dans ces règles du jeu, et les analyses manquaient trop souvent de structure ou oubliaient des points importants. Le risque d'avoir inclu des exemples de structure, est que ceux-ci deviennent une matrice type exercice à trous (aux "flèches" près)...

L'objectif dans cette rubrique est de comparer les deux arbres en abordant les points saillants de leurs topologies (principales branches monophylétiques et/ou anomalies apparentes, ordres d'apparition des clades, voire longueurs des branches). Les trois points des règles du jeu sous "1. Congruence entre les deux arbres" sont là pour vous rappeler ce qu'il ne faut pas oublier de traiter, et non trois points à traiter isolément et successivement (les autres rubriques des règles du jeu ont le même format).

Donc en effet, en l'état les deux phrases "Nous observeons dans nos arbres, les Chloroflexi, les Betaproteobacteria comme groupe monophylétique. [...] séparé du groupe monophylétique des Proteobacteria" pourraient parfaitement appartenir à la section "2. Cohérence avec la phylogénie des espèces de référence" puisque c'est exactement de la colinéarité entre la phylogénie de ce gène et celle des espèces dont il est question ici. La différence est subtile mais nécessite de souligner ici explicitement l'existence des deux arbres, et quelles observations soutiennent leur congruence, et lequelles au contraire montrent qu'ils ne racontent pas la même histoire évolutive (dans cette fiche par exemple il existe des différences notamment au niveau du groupe extérieur, mineures certes, mais qui n'ont pas été décrites, alors que c'est l'objet même de cette rubrique). Quand une différence est relevée, peut-être est-ce qu'un arbre (ou une branche) semble plus crédible dans une méthode que dans l'autre, et les cas échéant ces différences interfèrent (ou pas) avec les interprétations sur l'origine de l'ORF ?

Si vous avez encore des interrogations, il est possible d'organiser une visio dans les prochains jours, sinon on en rediscute au dernier TP "Débriefing des commentaires d'évaluation" mercredi 2/12.

Très bon week end !