Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Séquences métagénomiques

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Séquences métagénomiques
ChaDev
21 Nov 2020 13:20
Contribution non évaluée

Je voulais revenir sur une de vos remarque :

 

"Groupe d'étude : Pelagibacterales (liste en résultat brut)" ==> il est important de noter que les séquences incluses de NR semblent être d'origine ... métagénomique !

 

Je n'avais pas remarqué qu'elles étaient métagénomique, mais du coup j'aimerai être sûr que ça ne pose pas de problème pour l'inférence phylogénétique ?

 

Merci

PHingampMM20
21 Nov 2020 23:21
Maître de jeu

Non, ça ne pose aucun soucis :) C'est intéressant de le noter car ces séquences NR très proches de l'ORF proviennent de MAG (Metagenome Assembled Genome) séquencés dans des échantillons d'eau de mer... C'est important aussi à souligner dans le sens où les bactéries portant ces MAG n'ont jamais été isolées, leur classification taxonomique est donc entièrement basée sur leur ADN, de la même façon finalement que vous le faites avec vos ORF, ce sont donc des classifications taxonomiques hypothétiques moins fiables qu'avec des bactéries isolées et cultivées - avec l'énorme avantage par rapport à ce qu'on peut faire avec un unique ORF (voire ORF partiel) qu'avec plusieurs milliers de gènes sous la main dans un MAG, il est possible de baser les arbres phylogénétiques sur des gènes triés sur le volet (des gènes peu sujet aux HGT ou aux duplications) et même de faire des alignements multiples de séquences concaténés de plusieurs gènes (imaginez ce que ça peut donner comme robustesses avec 2500 AA retenus après GBLOCKS !). Bref ces MAGs ont une classification taxonomique moins fiable et précise que des bactéries cultivées, mais souvent c'est pas si mal et en tout cas assez pour aider à classer ton ORF.