Forum "Annotathon: généralités, fonctionnement & bugs"

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Résultats
mrsingh
24 Aug 2020 1:55
Contribution non évaluée

je vous ai envoyé un travail non terminé car faute de temps ..

Meglecz19CTES
24 Aug 2020 8:28
Maître de jeu

Bonjour M. Singh,

Suivez les instructions de cours: Il faut soumettre une séquence de votre choix, avec des annotations aussi complètes que possible. Soumettre 6 séquences toutes avec uniquement des résultats de recherche d’ORF est très insuffisant.

Comme les examens commencent la semaine prochaine il vous reste l’option de faire l’épreuve écrite. (1,5h; sur papier; documents permis; en présentiel). Dans ce cas, la soumission d’une séquence annotée n’est pas nécessaire. Votre note d’UE sera la note de l'examen écrit. Un exemple de sujet se trouve ici : https://ametice.univ-amu.fr/mod/resource/view.php?id=1079318.

A lundi,

Emese Meglecz

mrsingh
24 Aug 2020 14:26
Contribution non évaluée

Bonjour, 

J'ai bien lu votre message et déjà consulté le sujet exemplaire qui est similaire au travail sur annotathon.

Si vous pensez que le mieux est de passer l'épreuve écrite c'est d'accord.

Par contre dans le cas de la session Covid 19 sera - t - il sur annotathon?

Si j'avais eu un délais supplémentaire jusqu'à la fin de semaine je pourrai probablement vous donner l'ensemble des résultats sur annotathon,.. Je continue à le travailler de mon côté sur bloc notes et excell...

mrsingh
24 Aug 2020 14:26
Contribution non évaluée

Bonjour, 

J'ai bien lu votre message et déjà consulté le sujet exemplaire qui est similaire au travail sur annotathon.

Si vous pensez que le mieux est de passer l'épreuve écrite c'est d'accord.

Par contre dans le cas de la session Covid 19 sera - t - il sur annotathon?

Si j'avais eu un délais supplémentaire jusqu'à la fin de semaine je pourrai probablement vous donner l'ensemble des résultats sur annotathon,.. Je continue à le travailler de mon côté sur bloc notes et excell...

mrsingh
26 Aug 2020 1:40
Contribution non évaluée

Bonjour Mme Meglecz,

Vous me demandez en clair de vous traiter une seule séquence au choix? 1u départ je pensais qu'il fallait absolument traiter toutes les séquences du panier...

Du coup ce n'est pas un problème car j'ai déjà fini vu que j'ai (préparé de mon côté) et envoyé le 24 août la séquence de :

Trades Biome : [SPO] South Pacific Ocean : : [SPSG] South Pacific Subtropical Gyre Province, North and South TARA_098_MES_0.22-3 1090 bp codant

il ne me manque que l'arbre phylogénétique pour cette séquence.

Meglecz19CTES
26 Aug 2020 9:25
Maître de jeu

Bonjour,

Vu que l’examen écrit est dans moins d’une semaine, je vous conseille de faire l’examen écrit. Je remets vos séquences en état de annotation1, pour que vous poussiez vous exercer. C’est la meilleure préparation pour l’examen.

Je viens d’avoir les informations pour la session covid qui se déroulera 23-30 septembre. Si vous échouez à l’examen écrit, vous allez pouvoir reprendre les annotations sur Annotahon, rendre un travail complet et le soutenir à l’oral par visioconférence.

Bonne continuation,
Emese Meglecz

mrsingh
26 Aug 2020 19:42
Contribution non évaluée

Bonjour Mme Meglecz, 

Je vous remercie pour votre réponse.

Je viens de voir Mme Tarkhani avec lequel nous avons discuté à propos de la session 2 ainsi que la cession COVID 19.

Elle m'a annoncé que je devais choisir entre faire cette session 2 ou alors passer la session Covid 19 (mais que je ne pouvais pas passer les 2 sessions en même temps). Elle m'a incité comme vous à passer des examens écrits..

Du coup je ne sais absolument pas comment cela va se dérouler car si vous m'autorisez de continuer sur l'Annotathon, il faudra la prévenir pour que ce soit valider..

Je devrais écrire un mail (général) avec votre permission, ou sinon si vous pouvez lui demander directement afin de savoir si cela est possible...

Dans l'attente.

 

Très cordialement

Mr. SINGH

 

mrsingh
27 Aug 2020 16:49
Contribution non évaluée

Bonjour Mme Meglecz, 

 

Vu la situation sanitaire actuelle, je viens d'envoyer à l'instant (le 27/08/2020 à 16h35) un mail demandant de me rétracter pour la session 2, 

Je voudrais donc me contenter de passer la session spéciale COVID 19 Uniquement car je ne peux pas me présenter avec le risque de mon état de santé (qui est déjà dégradé depuis quelques mois), comme je l'ai détaillé dans un certificat médical.

Du coup concernant le travail d'annotathon j'aurais normalement tout à fait le temps de traiter le problème et de vous remettre les annotations (selon le délai que vous conviendrez).

J'attends la confirmation de Mme Tarkhani et Mme Costedoat (si vous pouvez également appuyer ma requette afin que Mme Tarkhani soit avisée par rapport à l'Annotathon).

Très cordialement .

Mr SINGH

Meglecz19CTES
28 Aug 2020 8:36
Maître de jeu

Bonjour M. Singh,

Je ne savais pas que vous ne pouvez pas faire la session 2 ET la session covid.


Je pense que vous avez fait le bon choix de finir les annotations de votre séquence (session covid) à la place de faire l’examen écrit.
Je vous propose le calendrier suivant :

Date limite pour rendre annotations1 complet : 09/09/2020 (minuit)
Je le corrigerais/commenterai avant le 11/09/2020 (minuit)
Date limite pour vos annotations révisées : 18/09/2020 (minuit)
Oral sur la base de l’annotathon : 21/09/2020 par visio. Heure à définir

Bon courage,
Emese Meglecz

 

mrsingh
9 Sep 2020 9:47
Contribution non évaluée

Bonjour Mme Meglecz,

 

J'ai bien visualisé votre message (assez tardivement , depuis ce matin.

J'ai déjà commencé à travailler les annotations,

Par contre comme il y a beaucoup trop d'échantillons, je n'ai pu traiter que 5 d'entre eux...

je n'ai posté que les résultats bruts pour l'instant et il me manque certains BLAST x et Blast P.

J'ai copié collé les taxinomies et certains arbres phylogénétiques.

Est-il possible de vous les envoyer avant la fin de la semaine? aujourd'hui le 9 septembre cela me ferait trop juste... car j'ai du réviser mes autres UE entre temps.

Si cela n'est pas possible je ferais au mieux pour vous envoyer ce que j'ai pu faire avant minuit aujourd'hui.

 

Cordialement .

Mr. SINGH

 

Mr. SINGH

Meglecz19CTES
9 Sep 2020 9:59
Maître de jeu

Il faut choisir un seul ORF d’une seule séquence et faire des analyses complètes de cet ORF. Il est fréquent de parcourir plusieurs séquences avant de trouver une qui vous convienne.

Vous pouvez rendre votre annotation avant demain 10/9 minuit.

Corialement,

Emese Meglecz

mrsingh
9 Sep 2020 12:13
Contribution non évaluée

Parfait je vous remercie, 

Je vais donc me concentrer sur 1 seule annotation .

Très cordialement 

Mr SINGH

mrsingh
9 Sep 2020 19:24
Contribution non évaluée

Bonsoir Mme Meglecz, 

J'ai pu mettre pas mal de résultats et d'analyses, 

pouvez-vous me dire si je suis sur la bonne voie?

Très cordialement.