ORF Finder results

Results for 1400 residue sequence "Untitled" starting "CTTCTAAATA"

>ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 109 to base 222. ATAACTGAAAAAGTTGCATCTAGAATAGTTGTAAAAGCTTGCCCAGTTAGAAAATTACGA ATTTTTTCAAGTTCACTTACTCTAGAAGAGAGTTCTCCAGTTGGACGCATCTGA >Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand. ITEKVASRIVVKACPVRKLRIFSSSLTLEESSPVGRI* >ORF number 2 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 280 to base 378. TCAATTCTATTGGTGGTTTCCGATAAAAGAAATGTTTTTAAAGCTGAAAGAATACCCTCT AATAAAGTCACTATAAGAAGTGCAAAACCAAGTACTTGA >Translation of ORF number 2 in reading frame 1 on the direct strand. SILLVVSDKRNVFKAERIPSNKVTIRSAKPST* >ORF number 3 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 553 to base 672. GTAATATTTGTTCTTTCTAAAAGAATAATTTCAATATCCTCAGTAAAAAAATTTTTAATT TCAGATGAACTAATTTTTATATATCCTTCATTTGGAGTTGCAAGTTTAATTCCTTTTTGA >Translation of ORF number 3 in reading frame 1 on the direct strand. VIFVLSKRIISISSVKKFLISDELIFIYPSFGVASLIPF* >ORF number 4 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 673 to base 783. TTGCTATTTATAATTATCGCAAATGTGTTTTTCCATTTTATTAATGCAGGGGTTTTTATA TTTGTAATAAAAGTAGGATCTAATTTTGCAATACTTACTTGGAGGGCGTGA >Translation of ORF number 4 in reading frame 1 on the direct strand. LLFIIIANVFFHFINAGVFIFVIKVGSNFAILTWRA* >ORF number 5 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 838 to base 1017. AACTCTTTTAAAACTTTTTCTACAGAATCCTTTCTAAATGGAAAATCCATTAAATTAGAG AGCATTTTAAAACATGCAAGTGTTCCATCAATTGGCCCTTCTCCTCTAACTATAATATTC TCATCTTCATCAAAATCATTAAAAGCACTTACTGGTGGTAATTTATTTGAATTAGTTTGA >Translation of ORF number 5 in reading frame 1 on the direct strand. NSFKTFSTESFLNGKSIKLESILKHASVPSIGPSPLTIIFSSSSKSLKALTGGNLFELV* >ORF number 6 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 1300 to base 1398. ATTTTTTGTATTCCGCCTTTTTTAATTTTTTTATTCTCTAAAAAACTTTTGGTAAAAAAT ATTAATTCTGGATCCCAAATTTTTTTATCACAGAATTTC >Translation of ORF number 6 in reading frame 1 on the direct strand. IFCIPPFLIFLFSKKLLVKNINSGSQIFLSQNF

Bonjour M. Singh,

Désolée pour ma réponse tardive. J’étais hors connexion pendant ces derniers quelques jours. Si vous souhaitez, vous pouvez rendre votre travail, avant le 24/08 minuit.

Je vous conseille de lire les cours et regarder attentivement les vidéos (en ordre d’apparence; sur la page ametice de cette UE), et mettez en pratique ce que vous avez appris directement après. Ceci évitera de vous bloquer sur les points traités dans les vidéos.

Il est inutile de copier-coller vos résultats dans le forum, car je peux accéder à votre séquence et vos annotations à travers le lien relié à votre question.
Par contre, formulez votre question clairement. Je ne comprends pas votre problème.

Bon courage,
Emese Meglecz

bonjour.

Je m'excuse tout d'abord de vous avoir déranger,

J'ai bien lu la plupart des cours et ayant essayé les outils orf finder et blast, 

Cependant je me confronte à des incohérences de réultats en ayant obtenu les séquences direct/indirect et sachant que le choix entre " standard" ou "bacterial" peut fausser ou erroner les résultats... 

Pouvez-vous m'aider à mieux comprende lequel de ces paramètres dois-je choisir lorsque les séquences orf ne me permettent pas d'obtenir de résultats pour BLAST?

Enfin concernant la remise de mon travail j'aimerais savoir si les dates des oraux sont déjà établis?

Au cas où je ne rendrais pas mon travail à temps le 24 août comme prévu est-ce que une autre alternative serait possible?

Continuer la seconde soumission d'annonathon ou continuer le devoir pour la session spéciale covid 19 qui aura lieu après la session 2?

 

Très cordialement

Mr SINGH

"Cependant je me confronte à des incohérences de réultats en ayant obtenu les séquences direct/indirect et sachant que le choix entre " standard" ou "bacterial" peut fausser ou erroner les résultats... "

Le choix entre le code bactrien et standard a un effet minime sur le résultat. Nous attendons de trouver des séquences bactériennes (voir introduction). C’est à vous à choisir.

"Pouvez-vous m'aider à mieux comprende lequel de ces paramètres dois-je choisir lorsque les séquences orf ne me permettent pas d'obtenir de résultats pour BLAST?"

Si aucune ORF ne vous donne des hits BLAST, vous ne pouvez pas travailler avec la séquence.

 

"Enfin concernant la remise de mon travail j'aimerais savoir si les dates des oraux sont déjà établis?"

Pas encore. A priori ça sera le 31/08. Nous allons fixer la date si vous rendez votre travail.

 

"Au cas où je ne rendrais pas mon travail à temps le 24 août comme prévu est-ce que une autre alternative serait possible?"

MSG sur le forum de mon cours :
Bonjour à tous,

Les étudiants qui n’ont pas encore validé l’UE Bioinformatique et Génomique. Je propose deux options pour la deuxième session:
1 . Vous pouvez choisir d’être évolué comme à la première session (NF = 0.5 * CC + 0.5 * Oral)
•    Soumission des annotations 1 (initiales) : avant le 16 aout 2020 à minuit.
•    Réouverture des annotations 2 :  le 30 aout 2020 à minuit.
•    Soumission des annotations 2 (finales) : avant l’examen oral de septembre
•    Oraux : début septembre (soit en présentiel soit en vidéoconférence).

2.  Vous pouvez choisir un examen écrit (1,5h) en présentiel si les conditions sanitaires le permettent, sinon à distance. Dans ce cas, la soumission d’une séquence annotée n’est pas nécessaire (NF = ET). Un exemple de sujet se trouve ici : https://ametice.univ-amu.fr/mod/resource/view.php?id=1079318

 

"Continuer la seconde soumission d'annonathon ou continuer le devoir pour la session spéciale covid 19 qui aura lieu après la session 2?"

Faites votre maximum pour ce devoir. Je n’ai pas d’information sur la session spéciale covid

 

Cordialement

Emese Meglecz

D'accord, du coup que dois-je remplir dans les champs manquants? dois-je juste dire que la séquence n'a pas d'homologies et qu'elle ne correspond à rien en laissant vide? 

Pour ma part j'ai refait une autre analyse sur ce même fragment et j'obtiens des résulats différents en suivant le même protocole...

	Taille (nt)	Taille (aa)	Brin	Position début	Position fin	ORF complet en 5'	ORF complet en 3'	Nb d'alignements BLAST NR e-valeur < 1e-10)	classification de l'ORF
ORF1 frame 1	294	98	direct	256	549
ORF1 frame 2	192	64	direct	113	304
ORF1 frame 3	228	76	direct	33	260
ORF2 frame 3	249	83	direct	561	809
ORF3 frame 3	231	77	direct	825	1055
ORF4	195	65	indirect	406	600
ORF5	258	86	indirect	524	781
ORF6	1065	355	indirect	33	1097

 

J'avais pris ORF1 dans mes précédentes analyses car vous avez spécifié dans votre vidéo que deux fragments ne pouvaient se chevaucher 

"J'avais pris ORF1 dans mes précédentes analyses car vous avez spécifié dans votre vidéo que deux fragments ne pouvaient se chevaucher ."

J’ai dit que deux ORF codants ne peuvent pas se chevaucher.