Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: Augmenter du nombre de séquences du groupe d'étude

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Augmenter du nombre de séquences du groupe d'étude
oassous
5 Jun 2020 12:55
Non evaluated contribution

Bonjour MEGLECZ

Dans l'une de vos remarques, vous m'avez conseillé d'augmenter un peu le nombre de séquences du groupe d'étude. Que voulez-vous dire par la ?

J'ai, pour ma part, augmenter le nombre de séquences en sélectionnant plus de sous groupe de mon groupe d'étude lors du rapport taxonomique. Mais lors de l'alignement multiple  ainsi que de la création de l'arbre, les résultats avaient l'air un peu bizarre:

Pour l'alignement multiple: Il y avait peu de position conservés après Gblocks et beaucoup de gaps

Pour l'arbre: un sous groupe de mon groupe d'étude s'est un inséré parmi le groupe extérieur même après avoir changé les paramètres pour pour séparer 

groupe d'étude du groupe extérieur. 

Je tiens à préciser que j'ai insérer dans ma sélection de séquence une séquence d'Alphaproteobacteria ayant un sous groupe non défini, peut-être est-ce la mon erreur... 

Cdlt 

Odélia ASSOUS

Meglecz19CTES
5 Jun 2020 15:42
Game master

Bonjour Odélia,

« Dans l'une de vos remarques, vous m'avez conseillé d'augmenter un peu le nombre de séquences du groupe d'étude. Que voulez-vous dire par la ? »
Oui, vous avez bien compris. J’ai demandé d’ajouter des séquences supplémentaires de groupe d’étude.


« Pour l'alignement multiple: Il y avait peu de position conservés après Gblocks et beaucoup de gaps »
Je n’ai pas l’impression que le nombre des positions est nettement plus faible que précédemment. Éventuellement vous pouvez relâcher des paramètres de GBlock pour garder plus de positions.


« Pour l'arbre: un sous groupe de mon groupe d'étude s'est un inséré parmi le groupe extérieur même après avoir changé les paramètres pour pour séparer groupe d'étude du groupe extérieur. »
Votre arbre en mal enraciner. Il y a moyen de séparer relativement bien les deux groupes, avec une seule séquence mal placée.


« Je tiens à préciser que j'ai insérer dans ma sélection de séquence une séquence d'Alphaproteobacteria ayant un sous groupe non défini, peut-être est-ce la mon erreur... »
Comme votre groupe d’étude est le Pelagibacterales et le groupe extérieur tous les autres alphabacteria, le présene d’une séquence alphaproéobacteria sans savoir son ordre ne vous avance pas.


Bon travail,
Emese Meglecz