Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: e-value de 0.0 alors que moins de 90% de différence

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e-value de 0.0 alors que moins de 90% de différence
AgnesB
27 Apr 2020 18:03
Contribution non évaluée

Bonsoir, 

 

Je voudrais savoir si je peux envisager de choisir un groupe extérieur en fonction d'une recherche de BLAST qui me donne ceci :

 

                                    
Sequences producing significant alignments:                       (Bits)  Value   Ident

MAE37911.1 translation initiation factor IF-2 [Pelagibacterace...  567     0.0     66%         
MAD59182.1 translation initiation factor IF-2 [Flammeovirgacea...  484     1e-163  88%         
WP_032113145.1 translation initiation factor IF-2 [Candidatus ...  381     4e-120  62%         
NLF55505.1 translation initiation factor IF-2 [Thauera phenoli...  374     1e-119  58% 

Est-ce que la e-valeur 0.0 est problématique ? 

Merci pour votre retour

Agnès

Meglecz19CTES
29 Apr 2020 10:43
Maître de jeu

Bonjour Agnès,
 
« Est-ce que la e-valeur 0.0 est problématique ? »
L’Evaleur 0.0 signifie que la valeur est très petite, elle approche de zéro. Dans le pratique BLAST affiche 0 si l’Evaleur est < 1e-182. C’est une valeur très hautement significative.

Basez-vous sur le tableau récapitulatif des groupes avec leurs fourchettes des Evaleurs.
Attention!  Il me semble que votre rapport taxonomique est partiel. Vous avez beaucoup moins de hit que 5000 et les derniers hits ont encore une Evaleur très faible. Cela indique qu’il y a encore beaucoup des séquences très similaires dans le BDD.

Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Pelagibacterales 7 9 0.0 2e-113
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Holosporales 1 1 4e-120 4e-120
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria 6 13 2e-119 3e-113
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales 19 33 3e-119 2e-113
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales 45 100 5e-119 7e-113
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sphingomonadales 46 78 6e-118 6e-113
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Emcibacterales 1 2 3e-117 3e-117
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhizobiales 19 35 4e-116 6e-113
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kordiimonadales 1 1 5e-113 5e-113
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Rhodocyclales 1 1 1e-119 1e-119
Bacteria:Proteobacteria 1 1 9e-116 9e-116
Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia:Cytophagales 1 1 1e-163 1e-163
Bacteria:Firmicutes:Bacilli:Bacillales 1 1 1e-113 1e-113
Eukaryota:Arthropoda:Arachnida:Araneae 1 1 3e-114 3e-114

Bonne journée,
Emese

 

AgnesB
30 Apr 2020 11:22
Contribution non évaluée

Merci beaucoup pour votre retour. 

Oui je vais relancer le BLAST effectivement il n'est pas complet ! Mais le site avait encore bugué :(( J'ai la poisse !!