Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: 1ère analyse

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1ère analyse
anloiret
20 Nov 2019 12:44
Non evaluated contribution

Notre séquence à analyser a une longueur de 810 nucléotides. Nous avons utilisé ORFFinder afin de trouver une séquence protéique codante avec un code génétrique standard. Sur ce logiciel, nous avons modifié le paramètre de la taille de l'ORF = 75 nt minimum. En revanche, les autres paramètres par défaut ont été conservés. Nous avons obtenu les résultats suivants: 

>lcl|ORF2
MMWLTKNEDGTPTGKGYSKPYCYHIDQFESLRPVFMQVMKYARAMGLDMI
QGDHEDAPGQLELNWMYDDVLRNADRLSTYRQICAQVAREFNLIACFMTK
PFMGVSASGCHTNMSLWSGGKDKVNKLGHKSIPAMDEVFSYVEGGKNTFM
PDTKDVQLPGKVGLKAIGGVMKHLGALTAIGSSTVNSYRRLWDQGFWAPV
YADWGYQNRTCGLRVSAPGRFEYRSVDSMHNPYLMGSGLLKCFDDGISNN
IDPGKPESRSMYEAQAAGKE  

⇒ sur le brin -, taille de 269 Acides aminés. Cadre de lecture 3, pour une séquence allant du nt 812 à >3. Nous avons donc noté que la séquence obtenue est complète en 5' et incomplète en 3'. Le CDS trouvé nous montre que la protéine prédite a une taille supposée de 266

>lcl|ORF1
MEYQIILILVNQNQEVCMKLKQLVKK

⇒ sur le brin -, taille de 25 Acides aminés. Cadre de lecture 1, pour une séquence allant du nt 79 à >2. Cette séquence est incomplète en 5' ainsi qu'en 3'. 

Nous avons trouvé 2 séquences codantes dans 2 cadres de lecture différents, puis analyser la plus grande des 2. Les résultats obtenus étant cohérents, nous l'avons conservé pour la suite de l'analyse.