Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Thread subject: Domaine protéique étrange

[ Return to forums ]
Domaine protéique étrange
RLPGF
13 Nov 2019 0:08
Non evaluated contribution

Bonjour,

Je travaille avec mon camarade sur une protéine provenant (avec certitude) d'une bactérie (plus précisément Prevotella).
En analysant la séquence sur Interpro, nous nous retrouvons avec deux domaines Fido-like, que nous savons très bien expliquer, et BRO N-terminal qui est peu documenté.
Nous avons en effet trouvé sur ce domaine qu'il est responsable de la liaison à l'ADN, et qu'il est présent dans une grande majorité de virus infectant bactéries et eucaryotes. C'est à ce niveau là qu'apparaît notre interrogation : comment se fait-il qu'une bactérie et un bon nombre de ses homologues ait intégré de façon permanente et viable ce domaine pourtant "exclusivement" viral ?

Dans ma réflexion, je suis arrivé à plusieurs hypothèses :
Premièrement, le domaine viral aurait pu être transmis après infection dans une bactérie qui l'aurait assimillée, et transmise à sa descendance, créant ainsi un nouveau groupe monophylétique (ce qui expliquerait que certaines espèces du groupe d'étude se retrouvent dans le groupe extérieur dans notre arbre phylogénétique).
Deuxièmement, ce domaine n'est pas seulement viral comme le disent les articles, et a bien une utilité dans la protéine de filamentation étudiée dans cette annotation. Dans ce cas second, je ne comprends vraiment pas comment des espèces de l'embranchement représentant le groupe d'étude se retrouvent dans le groupe extérieur.

Auriez-vous donc des suggestions ? Ou même une réponse à mes interrogations ?

Je vous remercie énormément pour le temps que vous voudrez bien prendre pour mon message, et me tiens à votre disposition pour tout renseignement complémentaire.

Romain Leroy

PHingampPGF19
13 Nov 2019 14:52
Game master

Bonjour,

Il est vrai que ce domaine BRO un peu mystérieux (en tout cas pour ce qui est de sa fonction) semble largement annoté dans le contexte des virus (peut-être parce que c'est là que cette protéine a été la plus étudiée), cependant la fiche INTERPRO mentionne également que ce domaine est aussi trouvé dans des bactéries : "The Bro-N domain occurs in [...] proteins encoded in the genomes of proteobacteria and Gram-positive bacteria", ce qui est aussi visuelement rendu sur la page "species" du domaine Pfam correspondant: https://pfam.xfam.org/family/PF02498#tabview=tab7

Bon courage pour la dernière ligne droite, ces annotations semblent bien mûries et prometteuses :)