Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: ORFFinder

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ORFFinder
Mars
23 Oct 2019 9:02
Non evaluated contribution

Notre séquence à analyser a une longueur de 799 nucléotides. Nous avons utilisé ORFFinder afin de trouver une séquence protéique codante dans un des 3 cadres de lecture possible. Sur ce logiciel, nous avons modifié le paramètre de la taille de l'ORF = 150 nt minimum. En revanche, les autres paramètres par défaut ont été conservés. Nous avons obtenu les résultats suivants: 

>lcl|ORF1
MDTSEVNIKNWKSLIKPPKLDVNLSEDKSYAKIIAEPLEKGYGLTLGNSL
RRILLSSIRGTAVTAIQIDGVLHEFTSIKGVREDVTDIVLNVKSLALKSN
SETTSKLILDAKGPGEIKASNITTSADIEILNPDLVICNLDENTNFHMEM
TVSNGKGYVSAEMNKPEEPPLGLIPIDSLFSPVKKVSYSISTAREGKALD
YDKLTMEVETNGSISAEDAVAYSARIFQDQLGMFVNFDEPQEVIVREQPT
EPEFNKNLLRKVDE   

⇒ sur le brin +, taille de 264 Acides aminés. Cadre de lecture 1, pour une séquence allant du nt 7 à la fin. Nous avons donc noté que la séquence obtenue est complète en 5' et incomplète en 3'. Le CDS trouvé nous montre que la protéine prédite a une taille supposée de 263

>lcl|ORF2
MFDALISPGPFASNISLLVVSELLFNASDLTFNTMSVTSSLTPLIDVNSC
NTPSIWIAVTAVPLIDESKILLKEFPRVSP

⇒ sur le brin -, taille de 81 Acides aminés. Cadre de lecture 3, pour une séquence allant du nt 371 à 129. Cette séquence est complète en 3' ainsi qu'en 5'. 

Nous avons trouvé 2 séquences codantes dans 2 cadres de lecture différents, puis analyser la plus grande des 2. Les résultats obtenus étant cohérents, nous l'avons conservé pour la suite de l'analyse.