Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: E value

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E value
Leacauchois18
8 Apr 2019 17:06
Non evaluated contribution

Bonjour Madame, 

Dans la vidéo d'explications vous nous expliquer de faire attention à ce que nos derniers hits dans la liste Blastp doivent encore avoir une bonne Evalue. 

Les dernier trouvé contre NR ont une Evalue assez élevée (0.74) . Est ce mauvais signe ? Il me semble avoir la même fonction tout de même si je ne me trompe pas. Mes fonctions me semblaient pourtant homologues en me fiant au tableau N°3.

Ensuite, lors de ma recherche Blasp contre SP mon premier résultats à une Evalue de 2e-35 il y à en tout 90 hits trouvés mais les 35 derniers ont une Evalue trés élevé, le dernier est à 9.5.. Est ce que cela pose problème ? 

Quand je regarde l'alignement de ces dernieres fonctions je remarque que l'alignement n'est pas du tout le même que pour les premières, les régions alignés ne sont pas les mêmes et elles sont plus courtes. Par conséquent, elles ne sont pas homologue ? 

J'espere avoir été clair dans l'explication.. Merci d'avance 

Meglecz18CTES
8 Apr 2019 18:32
Game master

Bonjour Léa,
Merci pour la question bien posée

Meglecz18CTES
8 Apr 2019 18:33
Game master

Bonjour Léa,
Merci pour la question bien posée

Meglecz18CTES
8 Apr 2019 18:34
Game master

Bonjour Léa,
Merci pour la question bien posée :)

Tout d’abord, je constate un bug dans l’outil Definition list. Je viens de demander que ça soit corrigé. En attendant, dans votre tableau 3 lisez les valeurs > 10 , comme 0.xx. Par exemple 42 devrait se lire 0.42. Ne perdez pas le temps avec la correction manuelle du tableau, j’espère que l’outil soit réparé rapidement. Seulement tenez compte dans l’interprétation, que par exemple la l’Evaleur max de la première lige est 0.42 et pas 42.

Un Evaleur relativement élevée à la fin de la liste des hits n’est pas grave. Seulement, vous ne pouvez pas être sûre à priori que tous les hits soient homologues. Pourtant pour la phylogénie vous avez besoin que des hits homologues. Pour éviter d’inclure des séquences non homologues dans l’analyse phylogénétique, il faut déterminer un seuil d’Evaleur au-dessus laquelle vous êtes sure d’avoir que des homologues. Par exemple si le seuil est 1e-7, vous pensez que tous les hits avec une Evaleur plus petite que 1e-7 sont les homologues.

La détermination de seuil est en effet souvent basée sur la fonction des séquences, mais vous avez raison, vous pouvez regarder également les alignements pour juger. Cette approche est plus compliquée pour les néophytes, car BLAST peut faire un alignement partiel pour les raisons techniques, qui peut vous induire en erreur.

Je copie-colle quelques liens avec des discussions pour comment déterminer la valeur seuil. Hélas, il n’y a pas de recette générale.

https://ametice.univ-amu.fr/mod/forum/discuss.php?d=115926
https://ametice.univ-amu.fr/mod/forum/discuss.php?d=117322
http://annotathon.org/?seeThread=2362

Bon travail,
Emese Meglecz
 

Meglecz18CTES
9 Apr 2019 10:27
Game master

Bonjour Léa,

Le bug de l’outil ‘Definition list’ a été réparé. Vous pouvez l’utiliser, pour avoir un affichage correct.


Bonne journée,
Emese Meglecz