Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: sélélection des groupes d'études et extèrieurs

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sélélection des groupes d'études et extèrieurs
Jules_Garreau
31 Mar 2019 15:15
Contribution non évaluée

Bonjour je ne comprend pas comment arriver à une séléction de ce type :

les images données dans la FAQ ne semblent pas correspondres a ce que l'on obtient avec un BLAST sur NCBI actuellement. après avoir fait un BLASTp contre NR je ne sais pas vers ou aller pour obtenir une séléction comme ci dessus. Pouvez vous me dire comment procéder ?. Merci Bonne journé

P_Chevallier
1 Apr 2019 23:21
Contribution non évaluée

Bonsoir,

il me semble que c'est à toi de sélectionner le groupe d'étude et le groupe extérieur. Si mes souvenirs sont bons, ce qui n'est pas forcément le cas, le groupe d'étude correspond à tous les résultats ayant un pourcentage d'identité supérieur à 80% et le groupe extérieur correspond à tous les résultats compris entre 65 et 80% d'identité. Je ne suis clairement plus sûre des valeurs en elles-mêmes, mais je crois que le prof avait parlé de quelque chose comme ça.

 

En espérant avoir été utile, bonne soirée!