Rebonjour,

J'ai changer les séquences pour mon arbre ( mais j'ai gardé le même groupe d'étude et même groupe extérieur). L'arbre est beaucoup mieux les deux groupes se séparent correctement mais il y a encore un soucis . La robustesse d'un des noeuds principal est trés bas. Je ne sais plus quoi faire dois je tout recommencer ?

Bonne soirée

Isis 

PS; J'ai mis toutes les informations qui m'ont permises d'arriver à cet arbre dans le bloc note

Bonjour Isis,

Si je ne me trompe pas dans votre arbre précédent, le groupe d’étude était Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia, mais l’ORF ne se groupait pas avec le groupe d’étude.
Dans l’arbre que je vois dans le bloc note la situation a très peu changé. Vous avez toujours que des séquences de Bacteroidetes. Quand je vous ai suggéré d’élargir de groupe d’étude, cela impliquait de choisir les Bacteroidetes comme groupe d’étude. Quel sera alors le groupe extérieur ? Ajoutez des séquences de groupe extérieur dans votre arbre.

Bon travail,
Emese Meglecz

Si j'utilise les bactéroidetes en groupe d'étude je n'ai pas assez de séquence dans les autres groupes pour les utiliser en groupe extérieur. J'ai voulu prendre les proteobactérie mais je n'avais que 4 séquences utilisables. Pareil pour n'importe quel autre groupes qui ont tous des e-valeur extrèmenet haute . Dans ma liste de séquence, les 4/5 sont des bactéroidetes

Je ne comprend pas ce que vous voulez dire par "l’ORF ne se groupait pas avec le groupe d’étude." 

Dernière question comment fait t'on pour suprimer des séquences du panier. Je ne trouve pas .

Bonne soirée isis

Bonjour Isis,

Revoyez le cours ‘Recherche de la fonction, Recherche du groupe taxonomique’ ( https://ametice.univ-amu.fr/pluginfile.php/2557876/mod_resource/content/1/3_Fonction_et_phylogenie.pdf ), plus particulièrement la partie sur le Choix de groupe extérieur.
Si le groupe d’étude est le bacteroidetes, quel sera le groupe extérieur ?

Vous n’avez pas besoin de beaucoup de séquence dans le groupe extérieur. Dans vos résultats vous avez ce qu’il faut. Les autres phyla n’ont pas que ses e-valeurs très haut. Par exemple :
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria 2    3    1e-58    7e-22
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria    12    36    2e-26    5.7
Bacteria:Chlorobi:Ignavibacteria:Ignavibacteriales    6    9    2e-51    7e-38
...

‘Je ne comprend pas ce que vous voulez dire par "l’ORF ne se groupait pas avec le groupe d’étude." ‘

Dans l’arbre que vous avez dans le bloc-note, vous avez que des Bacteriodetes. Donc j’ai considéré que votre groupe d’étude était le Sphingobacteriia et le groupe extérieur les autres classes de Bacteriodetes. Votre ORF se trouve dans la branche de groupe extérieure.

Si vous voulez utiliser Bacteriodetes comme groupe d’étude, il faut ajouter aussi des séquences non Bacteriodetes dans votre arbre.

‘Dernière question comment fait t'on pour suprimer des séquences du panier. Je ne trouve pas .’
J’ai déjà répondu à cette question dans le fil de discussion suivant : http://annotathon.org/?seeThread=2300
Vous ne pouvez pas retirer des séquences de votre panier.

Bon travail,
Emese Meglecz