Forum "Annotathon: généralités, fonctionnement & bugs"

Thread subject: Absence de codon STOP à la fin d'un ORF

[ Return to forums ]
Absence de codon STOP à la fin d'un ORF
LauraCTES
7 Feb 2019 16:46
Non evaluated contribution

Bonjour à tous,

Je pense être tombée sur un cas un peu spécial, je ne suis peut-être pas la seule, sur mon brin indirect, l’ORF2 va presque jusqu’à la fin de la séquence (nucléotide 1053 sur un total de 1055 nucléotides dans la séquence analysée).

J’avais donc pensé que le hasard avait fait que l’ORF2 se terminait juste 3 nucléotides avant la fin de la séquence, et que j’avais la chance d’avoir l’ORF2 en entier.

Mais j’ai l’impression que tel n’est pas le cas, car dans la séquence de l’ORF2 traduite en acide aminés, il n’y a pas de STOP à la fin.

Est-ce que je dois considérer que mon ORF2 est complet en 3’ ou incomplet ? En l'absence de codon STOP, je pense qu'il est incomplet, qu'en pensez-vous ?

Bien cordialement,

Laura Latil Rowland

LauraCTES
7 Feb 2019 17:09
Non evaluated contribution

Bonjour,

Je pense avoir finalement compris : le codon final est incomplet, il n’y a que 2 nucléotides au lieu de 3.

1055-1053=2

C’est pourquoi il manque le dernier acide aminé, puisque nous avons seulement 2 nucléotides.

L’ORF2 est donc incomplet en 3’.

Bien à vous,

Laura

Meglecz18CTES
7 Feb 2019 18:16
Game master

Bonjour Laura,
Je suis contente que vous ayez posé cette question, et encore plus contente que vous ayez trouvé la réponse correcte toute seule !
En effet quand un ORF s’arrête à moins de 3 bases de l’extrémité (5’ ou 3’) de la séquence, il n’y a plus de place pour un codon supplémentaire (on ne connait pas le codon suivant). La séquence est probablement incomplète, mais ceci devrait être confirmé à l’aide de l’alignement multiple.

Bonne soirée,

Emese Meglecz

 

Lucien
7 Feb 2019 18:50
Non evaluated contribution

Les deux bases de fin en 3' sur le reverse sont TA, qui est le début de deux des codons STOP (TAA et TAG). Est ce que SMS prend cela en compte ?

LauraCTES
7 Feb 2019 20:43
Non evaluated contribution

Merci pour votre reponse rapide !

Bonne soiree,

Laura

Meglecz18CTES
8 Feb 2019 11:51
Game master

"Les deux bases de fin en 3' sur le reverse sont TA, qui est le début de deux des codons STOP (TAA et TAG). Est ce que SMS prend cela en compte ?"

Non. ORF Finder n’est pas si sophistiqué. De plus, ça peut également être TAC ou TAT.
Bonne journée

Krystel
10 Feb 2019 21:04
Non evaluated contribution

Bonsoir,

Je crois que je suis dans le même cas pour mon ORF1, sur ORFinder il s'arrête deux bases avant la fin. Si je comprend bien il ne faut pas en conclure que l'ORF s'arrête vraiment mais plutôt qu'on ne peut plus lire car on est au bout du fragment ? 

Merci

bonne soirée