Forum "Annotathon: généralités, fonctionnement & bugs"

Sujet de discussion: Absence de codon STOP à la fin d'un ORF

[ Retour aux forums ]
Absence de codon STOP à la fin d'un ORF
LauraCTES
7 Feb 2019 16:37
Contribution non évaluée

Bonjour à tous,

Je pense être tombée sur un cas un peu spécial, je ne suis peut-être pas la seule, sur mon brin indirect, l’ORF2 va presque jusqu’à la fin de la séquence (nucléotide 1053 sur un total de 1055 nucléotides dans la séquence analysée).

J’avais donc pensé que le hasard avait fait que l’ORF2 se terminait juste 3 nucléotides avant la fin de la séquence, et que j’avais la chance d’avoir l’ORF2 en entier.

Mais j’ai l’impression que tel n’est pas le cas, car dans la séquence de l’ORF2 traduite en acide aminés, il n’y a pas de STOP à la fin.

Est-ce que je dois considérer que mon ORF2 est complet en 3’ ou incomplet ? En l'absence de codon STOP, je pense qu'il est incomplet, qu'en pensez-vous ?

Bien cordialement,

Laura Latil Rowland