Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Sujet de discussion: Incompréhension

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Incompréhension
cocodmt
5 Dec 2018 12:30
Contribution non évaluée

Bonjour,

Je ne comprends pas votre commentaire "mais surtout: cette extension N-terminale de votre ORF est vraiment improbable, aucun homologue n'en possède, donc il faut chercher lequel des codons de l'ORF1 aux alentours du début des homologues (donc vers 130-140) semble le plus crédible, et donc l'ORF1 est selon toute vraissemblance compléte! ".

Je traite désormais cette partie dans "recherche d'ORF". Mais le commentaire était dans cette catégorie.

 

Cordialement,

Coraline Dumont

PH_PGF18
6 Dec 2018 14:37
Maître de jeu

Bonjour,

En effet l'ORF présente dans l'alignement multiple ce qui ressemble à une longue extension N-terminale, or tous les homologues semblent commencer dans une même région très en aval de l'ORF. Ceci laisse supposer que l'ORF devrait aussi commencer dans la même région que les homologues, n'oubliez pas que vous avez fait une recherche en mode "any codon" et qu'il faut donc toujours chercher à repérer où se situe le véritable début de l'ORF (qui n'est pas - ou en tout cas rarement - le premier codon qui suit le premier STOP en amont de l'ORF).

Aussi, traitez cette question spécifique du codon d'initiation de l'ORF dans la section "alignement multiple", car c'est ce résultat qui est le plus à même de renseigner sur sa position la plus probable. Dans la section ORF finder, faites juste un résumé sur les extrémités en renvoyant vers la section "alignement multiple" pour de plus amples détails.

cocodmt
7 Dec 2018 11:47
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

Merci pour cette explication qui m'a beaucoup éclairé !!

Coraline