Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: Rapport taxonomique du BLAST contre NR

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Rapport taxonomique du BLAST contre NR
MissDia95
28 Apr 2018 12:44
Contribution non évaluée

Bonjour Madame,

Au fait, dans la partie "Choix du groupe d'étude", vous avez mis comme commentaire "

==> ATTENTION A NUANCER DANS VOTRE CAS : car une seule e-value à e-129, puis e-value la plus faible : e-100, puis e-99, etc...

==> donc une seule séq très similaire à votre protéine putattive parmi les alpha-, ensuite le differentiel est moindre. il faut le mentionner"

J'ai pas bien compris le calcul de différentiel de e-values ça se calcule entre le groupe d'étude et le groupe extérieur et pour la e-valeur e-100 ,on est toujours dans le groupe d'étude.

Merci d'avance.

B_Wirth_18
29 Apr 2018 16:37
Maître de jeu

Bonjour,

On vous demande de calculer explicitement, de mettre et de commenter le différentiel de e-value entre groupe d'étude et groupe externe, effectivement.

Mais ce différentiel d'e-value ne se calcule PAS seulement entre groupe d'étude et groupe externe. Vous pouvez le calculer pour tous les groupes taxo indiqués dans la table 5. Commenter le chevauchement entre les gammes d'e-values des diffférents groupes taxo, ou commenter le différentiel d'e-values entre les groupes, cela revient à la même chose. C'est ce qui vous permet de choisir de définir votre groupe d'étude.

Bon travail,

BW