Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: choix du groupe d'étude et du groupe extérieur

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choix du groupe d'étude et du groupe extérieur
Rosonp
24 Apr 2018 18:43
Non evaluated contribution

Bonjour, 

Nous avions choisi les eukaryota comme groupe extérieur or vous nous avez corrigé en nous disant que cela est faux. Nous n'arrivons donc pas à identifier le groupe externe et le groupe d'intéret.  

Merci par avance de nous éclairer sur ce point.

PRAT Rosalie et VALLANTIN Pierre

B_Wirth_18
25 Apr 2018 14:02
Game master

Bonjour,

c'est visiblement la sélection des séq du groupe d'étude + externe qui posait problème, car elle était totalement incohérente avec ce que vous aviez annoncé dans l'analyse des résultats.

Reprenez votre analyse des résultats :

- qu'avez-vous annoncé comme groupe d'étude ? Et vérifiez TOUTES les séq sélectionnées pour le groupe d'étude. Est-ce que ça correspond à ce qui a été annoncé ? Ces séq forment-elles bien un groupe monophylétique ?

- qu'avez-vous annoncé comme groupe externe ? Et vérifiez les séq sélectionnées pour ce groupe. Est-ce que ça correspond à ce qui a été annoncé ?

De plus, comment doit-être le groupe externe ? comment le choisit-on ? cf Document Phylogénie déposé dans la section TP sur AMETICE.

Pour Rappel :

1/ Définir le groupe d’étude de telle sorte qu’il représente une lignée taxonomique réelle. Ce doit être un groupe monophylétique. ⇒ Choisir les séquences parmi l’ensemble de ces lignées de telle sorte que l’ensemble des lignées soit représentées.


2/ Définir un groupe extérieur constitué de l’ensemble des lignées de même niveau taxonomique que le groupe d’étude. ⇒ Choisir les séquences parmi l’ensemble de ces lignées de telle sorte que l’ensemble des lignées soit représentées.

==> Vos séq sélectionnées pour le groupe externe (EuK), sont-elles bien de même niveau taxonomique que le groupe d'étude annoncé ?

N'hésiez pas si vous avez d'autres questions.

Bon travail

BW