Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: Choix de l'ORF, codon d'initiation

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Choix de l'ORF, codon d'initiation
Rosonp
20 Mar 2018 15:24
Non evaluated contribution

Bonjour Mme, 
Nous avons réalisé l'ensemble de nos résultats bruts et au moment de réaliser l'analyse de la partie recherche d'ORF, j'ai constaté que nous avions choisi une ORF complète en 5' et une analyse plus poussée au niveau du codon d'initiation était possible, que j'ai fait et qui nous fait passer de notre séquence en AA avec anycodon à une avec un codon d'initiation ATG avec deux AAs en moins. Ainsi devons-nous recommencer l'ensemble de l'analyse de données pour refaire tous les résultats bruts à partir de cette nouvelle séquence en AAs dépourvue de seulement les deux premiers AAs ? Car nous avons regardé la différence de l'analyse par BLAST par exemple, il ne s'agit que de petites différentes au niveau des E-values, qui comme elles sont très très petites (de l'ordre de 1e-150) les différentes ne sont pas vraiemnt significatives.. 


Merci d'avance pour votre réponse, 

Cordialement, 

Rosalie PRAT 

B_Wirth_18
27 Mar 2018 11:59
Game master

Bonjour,

Dans un souci de cohérence du travail, il vaudrait mieux, effectivement, relancer toutes les analyses avec la séquence avec laquelle vous travaillez effectivement.

Ca ne changera rien pour votre analyse des résultats. Les seules choses qui vont changer sont les coordonnées du domaine protéique sur la protéine putative, les coordonnées sur les alignements de blast, sur l'alignement multiple...

Bien cordialement,

BW