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Forum "Fonctions molÚculaires & Processus biologiques"

Thread subject: Choix de la fonction/processus et gène

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Choix de la fonction/processus et gène
Vincent-Marine
23 Feb 2017 14:22
Non evaluated contribution

Bonjour,

 

Lors du dernier TP vous nous aviez dit que vous nous enverrez par mail/annothaton une explication concernant la fonction moléculaire, le processus biologique et le nom du gène.
Or nous n'avons rien reçu et notre binôme aurait besoin de cette explication.

Pour le nom du gène, on s'aide de Uniprot avec la fonction de notre protéine. Cependant pour notre cas 4 fiches existes, laquelle prendre ?

A moins que quelqu'un d'autre sache nous répondre!

En vous remerciant par avance.

B_Wirth_17
24 Feb 2017 15:59
Game master

Bonjour,

* Pour la Fonction Moléculaire et le Processus Biologique :

Il s'agit de renseigner des termes GO (GO pour Gene Ontology). "Gene Ontology" est un projet d'uniformisation des annotations des gènes et des protéines dans les banques et bases de données. Chaque gène ou protéine sera annoté selon 3 niveaux : le Processus Biologique, la Fonction Moléculaire et le Compartiment Cellulaire. Pour chacun de ces niveaux, le Gene Ontology se présente comme un catalogue. Il existe diverses catégories fonctionnelles, chaque catégorie est elle-même constituée de plusieurs sous-catégories, qui sont elles-mêmes composées de plusiseurs sous-sous-catégories, et ainsi de suite. On va donc placer chaque gène ou chaque protéine dans la ou dans les catégories fonctionnelles qui vont permettre de définir sa fonction au mieux. Un gène ou une protéine peut donc avoir plusieurs termes GO par niveau (Fonction Moléculaire ou Processus Biologique).

Dans le formulaire de l'annotathon, vous disposez d'un menu déroulant qui propose quelques termes GO pour la Fonction Moléculaire et pour le Processus Biologique. Les catégories proposées sont des catégories large, de niveau hiérarchique élevé. Vous devez choisir un terme GO pour la Fonction Moléculaire et un terme GO pour le Processus Biologique.

Comment effectuer ce choix :

- il vous faut consulter la ou les fiches Interpro des domaines protéiques identifiés sur votre protéine putative. Vous y trouverez une section "termes GO". Parfois un seul terme GO, parfois plusieurs termes GO sont renseignés par niveau. Ces termes GO proposés peuvent correspondre à des catégories beaucoup plus précises par rapport à celles dont vous disposez dans le menu déroulant. Vous devez alors cliquer sur le lien du ou des termes GO correspondants, vous serez ainsi redirigés vers le site correspondant. Là, vous verrez un onglet "Ancestor Chart". En cliquant sur cet onglet, vous verrez apparaître l'arborescence des différentes catégories des termes GO : en bas, le terme GO le plus précis, sur lequel vous avez cliqué. Puis vous remontez l'arborescence pour trouver une catégorie plus large, présente dans votre menu déroulant.

- Si aucun terme GO n'est proposé dans la ou les fiches Interpro (ou si vous n'avez pas identifié de domaines protéiques conservés dans votre protéine), il faut faire la même vérification dans les fiches Swissprot des homologues identifiés lors du blast vs swissprot. La fiche swissprot contient également une section "termes GO". Vous procéderez de la même manière que celle citée précédemment.

Si ni les fiches Interpro, ni les fiches swissprot ne proposent de termes GO, deux possibilités :

- soit vous avez des homologues dans NR et dans SP, et vous avez une idée sur la fonction de votre protéine putative du fait des dénominations fonctionnelles associées aux homologues. Vous pouvez, dans ce cas, proposer un terme GO allant dans le sens de cette idée.

- soit vous n'avez aucune idée sur les termes GO à proposer, vous pouvez alors choisir les termes "Molecular Function Unknown" ou "Biological Process Unknown" que vous trouverez dans les menus déroulants correspondants.

Dans tous les cas, votre choix des termes GO doit être justifié dans la conclusion finale de votre travail. Par exemple, en terminant le paragraphe sur la fonction de votre protéine putative.

B_Wirth_17
24 Feb 2017 16:10
Game master

Suite...

* Pour le nom de gène :

Là, il faut regarder les fiches Swissprot des homologues les plus similaires. Chaque fiche swissprot contient une section "Gene Name". Un nom de gène est composé de 3 ou 4 lettres, suivies parfois d'un chiffre. Regardez quelques fiches Swissprot des homologues les plus similaires, si vous retrouvez toujours, ou très souvent, le même nom de gène, il s'agit d'un nom de gène largement accepté par la communauté scientifique, vous pouvez donc proposer ce nom de gène pour votre ORF.

Si par contre, les noms de gène sont toujours différents d'une fiche SP à l'autre, cela signifie qu'il n'y a pas de consensus par rapport à ce nom de gène. Dans ce cas, vous ne renseignez pas ce champ.

Mais là aussi, dans tous les cas, il faudra justifier le choix du nom de gène ou l'absence de choix dans la conclusion finale de votre travail.

Bon travail,

BW