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Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Thread subject: dommaines protéiques

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dommaines protéiques
estana
8 Nov 2016 14:57
Non evaluated contribution

bonjour,

nous obtenons 3 dommaines protéiques différents dont deux sont redondant (domaine Beta-grasp domain contient le dommaine 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain) .

Dans ces 3 dommaines aucuns ne corresponds a la majorités des fonctions trouvés dans swissprot et nr. En effet on trouve en majorité des Na(+)-translocating NADH-quinone reductase et très peu des ferrodoxin avec un e-value relativement bas

on ne sait pas quoi faire a partir de la

pouvez-vous nous aider ?

merci

P_Hingamp_BC16
8 Nov 2016 19:25
Game master

Pourtant le lien entre les homologues trouvés par BLAST (notamment dans SP) et les domaines protéiques conservés semble assez clair: regardez par exemple la fiche du meilleur hit BLASTp vs SP: http://www.uniprot.org/uniprot/A6V3A2 ?

"Le dommaine Riboflavin synthase-like beta-barrel​ est écarté malgrès l'evalue correct (3.4E-21) car cette fonction n'est pas retrouvé par la suite." je ne comprends pas cet argument: retrouvé par la suite de quoi? Avec un si faible E-value, l'écarter a priori est curieux? En plus l'activité redox semble cohérente entre la Riboflavin synthase-like beta-barrel et le domaine retenu de la 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding?