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Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: 2 OFR avec des homologues

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2 OFR avec des homologues
Bio3
3 Nov 2016 11:53
Non evaluated contribution

Bonjour,

Nous avons trouvé un ORF codant sur le brin direct et de même  sur le brin indirect. Ces deux ORFs ne sont pas chevauchants et possèdent des e-values significatives. De plus, l'ORF sur le brin direct est le plus grand, et les premiers homologues de ces deux ORFs sont des protéines avec des fonctions différentes. Le premier homologue obtenu pour le brin direct a une e-value de 6e-148 et un pourcentage d'identité de 81 %, le premier homologue obtenu pour le brin indirect a quant à lui une e-value de 2e-78 et un pourcentage d'identité de 90 %. Nous retrouvons pour les deux ORFs plus de 5000 homologues dans le Blastp contre NR.

Notre analyse doit-elle se baser sur les deux ORFs, ou l'un des deux ? Et si oui, lequel serait le plus pertinent ?

Merci d'avance :)

P2SM
3 Nov 2016 18:32
Contribution: Pertinent

Salut,

Il ne faut analyser qu'un seul ORF donc quand c'est comme ça il est préférable de privilégier l'ORF le plus long.

Tout en indiquant que les 2 ORF sont intéressants et méritent tous deux une analyse bioinformatique.

 

 

P_Hingamp_BC16
4 Nov 2016 11:02
Game master

Bonjour,

J'abonde dans le sens de P2SM (réponse vraiment très pertinente!). N'analysez jamais plus qu'un seul ORF sur une séquence donnée (l'Annotathon n'est pas conçu pour cela, ça deviendrait vraiment trop volumineux et difficile à suivre...).

PS: N'oubliez pas de spécifier la longueur des alignements quand vous spécifiez des % d'identité!..

Bio3
8 Nov 2016 16:10
Non evaluated contribution

Merci pour vos réponses ça nous a beaucoup aidé ! :)