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Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: détermination du groupe d'étude et extérieur

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détermination du groupe d'étude et extérieur
zbrrrrra
29 Sep 2016 14:58
Non evaluated contribution

Bonjour, 

Alors, pour cette séquence nous avons obtenu avec tax list (cf : analyse de résultat du rapport taxonomique) toutes les classes des Bactéries (Protéobactérie, Nitrospirae, Firmicutes, Cyanobactéria etc..) avec leurs sous-classes (Gamma, Beta, Delta, Epsilon et AlphaProtéobactérie ; Nostocales, Chroococcales, ... pour les Cyanobactérie ; de même pour les autres), également plusieurs classes faisant parties des Eukaryotes et même des Archées. 

Notre problème est que les e-value pour le groupe des Bactéries sont comprises entre 6e-38 et 2e-22 alors que celles pour le groupe des Eukaryotes sont comprises entre 1e-34 et 4e-22 et celles pour les Archées entre 7e-28 et 3e-23. Leurs différentiels ne sont donc pas très important et du coup pas très fiable.

Nous aimerions donc savoir si nous devions changer de séquence, ou sachant que nous avons déjà une autre séquence oû le groupe taxonomique et la fonction de  ont été déterminée, si nous pouvons essayer de déterminer si notre deuxième séquence appartient au Eukaryote, au Bactérie ou au Archées avec un arbre "allégé" sans rentrer dans le détail des sous-classe ? 

Bonne journée. 

Angel, Suzy, Solène. 

P_Hingamp_BC16
30 Sep 2016 18:47
Game master

Bonsoir,

En effet la qualité des alignements ne semble pas particulièrement meilleure avec un groupe plutôt qu'un autre au sein des bactéries. Par contre les potentiels homologues chez les eucaryotes et archaea sont vraiment très éparses (comparé au nombre d'homologues trouvés chez les bactéries), ce qui peut suggérer que ce gène n'existe dans ces deux domaines que par des évenements ponctuels type HGT? Auquel cas, ni les eucaryotes, ni les archaea ne peuvent raisonnablement jouer le rôle de groupe extérieur! Ainsi tombe à l'eau l'option de faire des bactéries le groupe d'étude...

Peut-être que la limite à 5000 hits pose problème ici, car les derniers hits restent avec des E-values significatifs (5E-22), donc peut-être d'autres  homologues plus distants au delà des 5000 pourraient changer sensiblement le "panorama" taxonomique des homologues, mais je doute un peu que ça permette de conclure clairement à un gène de "LUCA" bien représenté chez les eucaryotes (ou les archaea) et qui puisse alors permettre de choisir les eucaryotes comme groupe extérieur?

Bref il est probablement plus simple de tenter une autre séquence, car en l'état faire un arbre non raciné avec les trois domaines (B, E, A) est assez difficile car vous n'avez que relativement peu de séquences d'E + A disponibles? Et cette ORF étant visiblement assez éloignée de tout ce qui se trouve dans NR, il y a un risque de placement artéfactuel par un phénomène dit "d'attraction des longues branches"...

Vous pourriez être en présence d'un fragment de génome venant de ce que l'on appelle en ce moment "la matière noire bactériologique", des micro-organismes totalement inconnus qui commencent à être devinés grace aux approches de métagénomique. Voir par exemple cet article publié pas plus tard qu'hier dans une revue du groupe "Nature" qui rapporte en symbiose dans un drôle d'animal marin (Bugula neritina), la découverte grace à la métagénomiquedes de bouts de génomes de microbe qui ne ressemblent à rien de connu. Bugula neritina:

      Home     Pacific Coast Exotic Species     Use of Images     Contact Us  Bugula neritina Linnaeus, 1758      Kingdom: Animalia     Phylum: Bryozoa     Class: Gymnolaemata     Order: Cheilostomata     Suborder: Anasca     Family: Bugulidae