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Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: Choix de la e-value seuil

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Choix de la e-value seuil
AngB_HuaR
3 Feb 2016 21:35
Non evaluated contribution
Bonjour,
Dans la recherche d'homologues avec le blastp vous demandez de donner une valeur seuil de la E-value. Pour cela vous demandez si les séquences renvoyées sont homologues à notre séquence. Je ne suis pas sure d'avoir compris comment décider si une séquence est effectivement un homologue. Faut-il regarder les séquences une à une avec les critères vus en cours (nombre de gap, résidus identiques rares ou fréquents, etc)? Et si oui, quels seuils doit-on utiliser (par exemple 5% max de gap...)
Merci d'avance
C_Brochier_13
4 Feb 2016 20:42
Game master
Bonsoir,

Pour déterminer si deux séquences sont homologues il faut effectivement regarder les alignements deux à deux en considérant tous les critères (taille de l'alignement par rapport à la taille des séquences query et subjct, %gap, %d'identité et de similarité, nature des résidus conservés, etc).
Dans la majorité des cas il n'y aura pas de difficulté, mais cela peut être délicat dans d'autres cas.
Il n'existe pas de seuil pouvant être utilisé de manière universelle (cf cours). C'est là toute la difficulté de l'exercice lorsqu'on veut faire un travail de précision.

Cordialement,
Céline Brochier